Gemäß dem Vertrag über die Arbeitsweise der Europäischen Union (AEUV) liegt die Kompetenz für die Organisation des Gesundheitswesens und die medizinische Versorgung bei den Mitgliedstaaten (Artikel 168 AEUV). Dem Europäischen Parlament und dem Rat sind Maßnahmen zur Harmonisierung der einschlägigen Rechtsvorschriften der Mitgliedstaaten sogar ausdrücklich untersagt (Art. 168 Absatz 5 AEUV). Gleichwohl verfügt die Europäische Union auch im Bereich des Gesundheitswesens über eigene Gestaltungsspielräume. Diese ergeben sich zum einen aus den in der AEUV aufgeführten Zuständigkeiten. Sie betreffen in erster Linie den Bereich Gesundheitsförderung und Prävention, insbesondere Maßnahmen zur Beseitigung von Ursachen für die Gefährdung der menschlichen Gesundheit, die Bekämpfung von weit verbreiteten schweren Krankheiten sowie ergänzende Maßnahmen zur Verringerung drogenkonsumbedingter Gesundheitsschäden. In die Zuständigkeit der EU fallen nach Artikel 168 AEUV außerdem Maßnahmen zur Festlegung hoher Qualitäts- und Sicherheitsstandards für Organe und Substanzen menschlichen Ursprungs sowie für Blut und Blutderivate.

Zum anderen haben die Bestimmungen zum gemeinsamen Markt in der Europäischen Union, insbesondere zu den vier Grundfreiheiten des AEUV – freier Warenverkehr (Artikel 28 – 35 AEUV), freier Personenverkehr (Artikel 45 und 49 AEUV), freier Dienstleistungs­verkehr (Artikel 56 AEUV) und freier Kapitalverkehr (Artikel 64 AEUV) –, zunehmende Auswirkungen auf die nationalen Gesundheitssysteme. Der Europäische Gerichts­hof (EuGH) hat in mehreren Entscheidungen deutlich gemacht, dass die Grundfreiheiten grundsätzlich auch im Bereich des Gesundheitswesens Anwendung finden. Nach einer Entscheidung des Gerichts aus dem Jahr 1998 unterliegen medizinische Erzeugnisse und Dienstleistungen dem freien Waren- und Dienstleistungsverkehr. Deshalb ist zum Beispiel der Arzneimittelmarkt EU-weit nahezu vollständig harmonisiert. Ferner urteilte der EuGH im Jahr 2001, dass auch ausländische Krankenhausbehandlungen dem freien Dienstleistungsverkehr unterliegen.

Der deutsche Gesetzgeber hat aus der Rechtsprechung des EuGH Konsequenzen gezogen und dessen Rechtsauffassung mit dem Inkrafttreten des GKV-Modernisierungs­gesetzes im Jahr 2003 in das Gesundheitssystem übernommen. Bei der Implementierung europäischer Vorgaben in nationales Recht wird im Ausschuss für Gesundheit häufig kontrovers über die Frage diskutiert, ob man sich bei der Umsetzung eng an den Vorgaben und Empfehlungen orientieren oder höhere Schutzniveaus definieren soll. Die Ausschussmitglieder lassen sich von der Bundesregierung regelmäßig über vom europäischen Parlament oder der EU-Kommission geplante Vorhaben informieren. Im Vorfeld von und im Nachgang zu den Tagungen des Rates der EU "Beschäftigung, Sozialpolitik, Gesundheit und Verbraucherschutz" (EPSCO) berichtet die Bundesregierung dem Ausschuss über die aktuellen Entwicklungen auf europäischer Ebene.

Im Zentrum der Beratungen des Ausschusses über europäische Gesundheitspolitik stehen die vom Plenum überwiesenen EU-Vorlagen. So befasste sich der Ausschuss in der 17. Wahlperiode u. a. ausführlich mit der europäischen Drogenpolitik. Sowohl die "EU-Drogenstrategie 2013 – 2020" als auch die Mitteilung der Kommission an das Europäische Parlament und den Rat "Eine entschlossenere europäische Reaktion auf das Drogenproblem" wurden im Rahmen eines Expertengesprächs, an dem auch ein für die Strafverfolgung zuständiger Vertreter der Generaldirektion Justiz der EU-Kom­mis­sion und weitere Sachverständige teilnahmen, kontrovers diskutiert.

Ein weiteres für den Ausschuss wichtiges Thema war der "Vorschlag für eine Verordnung des Europäischen Parlaments und des Rates über klinische Prüfungen mit Humanarzneimitteln und zur Aufhebung der Richtlinie 2001/20/EG". Dazu ließ er sich mehrfach von der Bundesregierung über den Stand des Verfahrens informieren. Sowohl für den Ausschuss als auch für die Bundesregierung war in diesem Zusammenhang u. a. problematisch, dass die EU in ihrem Verordnungsvorschlag keine informierte Einwilligung der Patientinnen und Patienten vorsieht, sondern diesen nur ein Widerspruchsrecht einräumt, und den Schutz nicht einwilligungsfähiger Notfallpatientinnen und -patienten aufweicht.

Die Änderung der "Berufsanerkennungsrichtlinie" wurde vom Ausschuss für Gesundheit ebenfalls eingehend diskutiert. Die darin vorgesehene Regelung zur Krankenpflege- und Hebammenausbildung lehnte er ab. Die vom Ausschuss formulierten Bedenken fanden letztlich Eingang in einen Entschließungsantrag. Darin wurde hervorgehoben, dass es bei einer zehnjährigen allgemeinen Schulausbildung als Zugangsvoraussetzung zur Krankenpflege- und Hebammen­ausbildung bleiben müsse und diese nicht auf zwölf Jahre angehoben werden dürfe. Die im Sommer 2013 verabschiedete Richtlinie sieht jetzt zwei gleichberechtigte Zugangswege vor. Somit erhalten Krankenschwestern und Krankenpfleger mit einem deutschen Ausbildungsabschluss auch weiterhin automatisch die europäische Anerkennung.