Ein wesentlicher Punkt in dem Programm der Ministerin ist die Exzellenzinitiative. Sie setzt auf den Wettbewerb in der Forschungsförderung der einzelnen Hochschulen und schärft damit ihre Profile. Die Förderung der Exzellenz dürfe nicht zu Lasten der Breitenförderung gehen. Exzellenz wiederum definiere sich über den Standort und könne stets erweitert werden, gab die Ministerin der Vertreterin der Linksfraktion zur Antwort. Diese hatte Bedenken geäußert, dass bei der Kriteriumsvergabe Universitäten der neuen Bundesländer im Vergleich zu den alten Ländern benachteiligt seien, da Hochschulen wie Freiburg oder Tübingen auf eine längere Forschungstradition zurückgreifen könnten.
Ein weiterer wichtiger Programmpunkt sei der Vorrang für Innovationen. Dies gelte besonders für den Bereich der Bio- und Nanotechnologie, in dem Deutschland einen Wissensvorsprung habe. Diesen Vorsprung gelte es zu nutzen, um Marktführer in diesem Bereich zu werden. Schavan will, dass der Anteil der privaten und öffentlichen Investitionen in Forschung und Entwicklung bis 2010 kontinuierlich auf drei Prozent des Bruttoinlandproduktes steigt. Auch im Bereich der Geisteswissenschaften hat die Bundesministerin neue Impulse vorgesehen. Die intellektuelle Kultur Deutschlands müsse auch als solche weiterhin unterstützt werden. Dazu sollen "Schnittstellen" zwischen Strukturen und Disziplinen entstehen. Die Interdisziplinarität solle neben der Wissenschaft auf universitärer und außeruniversitärer Ebene auch die Politik und die Wirtschaft mit einschließen.
Beim Thema Föderalismus hatte sich die Bundesministerin mit kritischen Fragen auseinander zu setzen. Die SPD-Fraktion äußerte Bedenken, dass bei einer Verlagerung der Kompetenzen auf die Länder künftig einzelne Bundesländer mit ihren Universitäten im Bereich Elitenförderung "auf der Strecke" beiben könnten.
Wie sich die Ministerin die Zusammenarbeit zwischen Bund und Ländern vorstelle, wollten die Sozialdemokraten wissen. Schavan kündigte daraufhin an, sie werde ein Gremium bilden, dem Vertretern beider Seiten angehören sollen. Die Ministerin versicherte den Abgeordneten: "Zuschauer bleibt der Bund in den nächsten Jahren nicht". Es gebe eine Verantwortung des Bundes im Bereich der Steuerung von Bildung und Forschung.