Dabei geht es um Lastkraftwagen von über 3,5 Tonnen und die Hauptverkehrsstraßen von zur Zeit rund 60.000 Kilometer Schnellstraßen. Die Mitgliedstaaten sollen ihre Gebührensätze nach Emissionsumfang, Fahrzeugtypen, Bevölkerungsdichte und Unfallgefahr differenzieren können. Bei Straßen geringerer transeuropäischer Verkehrsbedeutung bleibt es den nationalen Regierungen nach dem Subsidiaritätsprinzip vorbehalten, eigene Benutzungsregeln für die Verkehrsinfrastruktur zu beschließen.
Bei der Verwendung der Mauteinnahmen bestand die spanische Verkehrskommissarin Loyóla de Palacio gegen den Willen mehrerer Mitgliedstaaten auf einer Zweckbindung ausschließlich zum Ausbau der Verkehrsinfrastruktur, woran bereits eine erste Einigung im EU-Verkehrsministerrat gescheitert ist. So sollten die Kosten für Bau, Betrieb, Instandhaltung und Ausbau des Verkehrswegenetzes sowie die nicht gedeck- ten Unfallkosten der Höhe der Gebühren entsprechen, wobei die Anrechnung der Kosten für Infrastrukturverbesserungen nach dem Willen der Kommission nur auf solche Projekte möglich sein soll, deren Bau nicht früher als 15 Jahre vor Inkrafttreten der Richtlinie abgeschlossen wurde. Das Parlament verlangt, auch länger zurückliegende Kosten für die noch nicht amortisierten Projekte mit einzubeziehen.
Außerdem wollen die Abgeordneten auch die Möglichkeit der Erhöhung von Mautgebühren für ein über die reinen Infrastukturmaßnahmen hinausgehende Querfinanzierung zulassen. Auch die Definition der durchschnittlichen Mautgebühren soll erweitert werden. So sollen die Kosten aufgrund umweltbezogener Aspekte, wie der Bodenverseuchung und der Luftverschmutzung einschließlich der durch Verkehrsstaus entstehenden Kosten miteinbezogen werden. Dies allerdings nur, soweit sich diese konkret aufgrund europäischer Berechnungsmethoden quantifizieren lassen. Die von der Kommission vorgeschlagene Schaffung einer unabhängigen Infrastrukturbehörde in jedem Mitgliedstaat zur Überwachung des korrekten Einsatzes der Mautgebühren wird vom Parlament abgelehnt.
Beendet werden konnte dagegen die Beratung über eine neue Richtlinie zur Nutzung elektronischer Mautsysteme in der Europäischen Union. Nachdem wichtige Änderungsanträge des Parlaments aus erster Lesung vom Ministerrat übernommen wurden, verzichtete das Parlament auf zusätzliche Änderungen. Wichtigstes Ziel der Richtlinie ist es, dass die gegenseitige Nutzbarkeit der verschiedenen nationalen Mautsysteme in der EU erleichtert oder zumindest ermöglicht wird.
Dazu wird ein europäischer Mautdienst geschaffen, der gewährleisten soll, dass die in den Mitgliedstaaten bereits vorhandenen und die künftig eingeführten Mautsysteme für den Nutzer gemeinschaftsweit interoperabel sind. Dieser Dienst überprüft lediglich die Art der Maut- oder Gebührenerhebung, keinesfalls aber die Höhe der Gebühren oder den Zweck ihrer Erhebung.
Die Kommission hatte vorgeschlagen, dass bis 2005 alle elektronischen Mautsysteme auf den Techniken Satellitenortung, sonstiger Ortung, Mobilfunk oder Mikrowellen basieren sollten. Ab 2008 bis 2012 sollten alle neuen Systeme ausschließlich auf der Satellitenortung oder der Mobilfunktechnik beruhen.
Die Verkehrsminister und das Parlament änderten diese Verpflichtung aber in eine Empfehlung ab. Auch der vorgeschlagene Zeitrahmen wurde geändert. So sollen nun nur die Merkmale des europäischen elektronischen Mautdienstes von der Kommission bis Juli 2006 festgelegt werden.
Die Mitgliedstaaten, die bereits über nationale Systeme zur elektronischen Mauterhebung verfügen, müssen sicherstellen, dass die Betreiber ihren Kunden den europäischen elektronischen Mautdienst gestaffelt anbieten: Für Fahrzeuge mit einem Gesamtgewicht ab 3,5 Tonnen oder Busse ab neun Personen spätestens zum 1. Juli 2009, für alle andern Fahrzeugarten spätestens zum 1. Juli 2011.
Die Richtlinie gilt nicht für Mautsysteme ohne elektronische Einrichtung oder kleine, rein lokale Mautsysteme, sondern nur für solche Systeme, die einen Einbau von Geräten in die Fahrzeuge erforderlich machen.