Der Bundestag hat am 22. November beschlossen, für die neue Wahlperiode 22 ständige Ausschüsse einzusetzen. Einen gemeinsamen Antrag aller fünf Fraktionen mit diesem Ziel ( 16/76) hat das Parlament ohne Aussprache angenommen. In der letzten Wahlperiode gab es 21 ständige Ausschüsse. Neu gebildet wurde der Ausschuss für Arbeit und Soziales, in Anlehnung an das aus dem Bundesministerium für Wirtschaft und Arbeit wieder ausgegliederte Ministerium für Arbeit und Soziales. Größter Ausschuss bleibt der Haushaltsausschuss mit 41 Mitgliedern (bisher 44 Mitglieder). Traditionsgemäß stellt hier die größte Oppositionsfraktion den Vorsitzenden. Die FDP hat dafür den 40-jährigen Krefelder Anwalt Otto Fricke nominiert, der auf den ausgeschiedenen CDU-Abgeordneten Manfred Carstens folgt.
Hinter dem Haushaltsausschuss rangieren mit jeweils 36 Mitgliedern der Auswärtige Ausschuss (bisher 37), der Innenausschuss (bisher 37), der Finanzausschuss (bisher 35), der Ausschuss für Wirtschaft und Technologie (bisher Ausschuss für Wirtschaft und Arbeit mit 42 Mitgliedern), der neue Ausschuss für Arbeit und Soziales und der Ausschuss für Verkehr, Bau und Stadtentwicklung (bisher Ausschuss für Verkehr, Bau- und Wohnungswesen mit 40 Mitgliedern). Mit 33 bleibt die Zahl der Abgeordneten im Ausschuss für die Angelegenheiten der Europäischen Union konstant. Jeweils 31 Mitglieder zählen der Ausschuss für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (bisher Ausschuss für Verbraucherschutz, Ernährung und Landwirtschaft mit 30 Mitgliedern), der Ausschuss für Familie, Senioren, Frauen und Jugend (bisher 30), der Ausschuss für Gesundheit (bisher Ausschuss für Gesundheit und Soziale Sicherung mit 40 Mitgliedern), der Ausschuss für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (bisher 33) und der Ausschuss für Bildung, Forschung und Technikfolgenabschätzung (bisher ebenfalls 33). Dem Verteidigungsausschuss gehören nach wie vor 30, dem Rechtsausschuss jetzt 27 Mitglieder (bisher 33) an.
Vorsitzende des Ernährungsausschusses wird mit der früheren nordrhein-westfälischen Umweltministerin Bärbel Höhn (Bündnis 90/Die Grünen) ein Parlamentsneuling. Neu im Bundestag ist auch die künftige Vorsitzende des Gesundheitsausschusses, Martina Bunge aus Wismar von der Fraktion Die Linke. Mit 25 bleibt die Zahl der Mitglieder des Petitionsausschusses unverändert. Für den Vorsitz hat hier die Die Linke die Agraringenieurin Kersten Naumann aus Thüringen nominiert, die schon bis 2002 für die PDS im Bundestag saß. Sie folgt auf Karlheinz Guttmacher (FDP), der aus dem Parlament ausgeschieden ist.
Kleinere Gremien sind der Ausschuss für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung mit 22 (bisher 23), der Ausschuss für Kultur und Medien mit 20 Mitgliedern (bisher 17) und der Ausschuss für Menschenrechte und humanitäre Hilfe mit 16 Mitgliedern (bisher 17). Den Vorsitz im Entwicklungsausschuss wird der 47-jährige Thilo Hoppe aus Aurich (Bündnis 90/Die Grünen) übernehmen. Sein Amtsvorgänger, der CSU-Politiker Rudolf Kraus, gehört dem Bundestag nicht mehr an. Den Kulturausschuss wird der Frankfurter Anwalt Hans-Joachim Otto (FDP) leiten, der auf Monika Griefahn (SPD) folgt. Jeweils 13 Abgeordnete (bisher jeweils 15) zählen der Ausschuss für Wahlprüfung, Immunität und Geschäftsordnung, der Sportausschuss und der Ausschuss für Tourismus. CDU/CSU und SPD haben die von ihnen zu stellenden Ausschussvorsitzenden noch nicht offiziell benannt. Die Ausschüsse konstituieren sich am 30. November.
Der Bundestag hat festgelegt, dass nur ordentliche Mitglieder und ihre Stellvertreter Zutritt zum Auswärtigen Ausschuss, zum Verteidigungsausschuss sowie zum Innenausschuss in Angelegenheiten der inneren Sicherheit haben. Angenommen hat das Parlament darüber hinaus einen weiteren Antrag aller fünf Fraktionen ( 16/75), der das Verfahren für die Berechnung der Stellenanteile der Fraktionen im Ältestenrat und in den Ausschüssen regelt.