Das Bundesverfassungsgericht hat seit dem Zusammentritt des Ersten Bundestages am 7. September 1949 eine Vielzahl von Entscheidungen getroffen, die das Parlamentsrecht betreffen. Insbesondere die Rechtsstellung der Fraktionen und der Abgeordneten standen im Mittelpunkt der Rechtsprechung des höchsten deutschen Gerichts.

Zu nennen ist das so genannte Wüppesahl-Urteil vom 13. Juni 1989. Der frühere Abgeordnete Thomas Wüppesahl vom Bündnis 90/Die Grünen hatte nach seinem Fraktionsausschluss seine Rechte als fraktionsloser Parlamentarier eingeklagt. Er hatte sich dagegen gewehrt, dass fraktionslosen Abgeordneten die Mitarbeit in einem Ausschuss als der eigentlichen Arbeitseinheit des Bundestages fast stets verwehrt war. Diese Rechtslage folgte aus der früheren Fassung der Geschäftsordnung des Bundestages, nach der das Benennungsrecht für die Ausschüsse ausschließlich den Fraktionen vorbehalten war.

In der Entscheidungsformel des Bundesverfassungsgerichts heißt es dazu: "Der Deutsche Bundestag verletzt die Rechte des Antragstellers aus Artikel 38 Absatz 1 Satz 2 Grundgesetz dadurch, dass er ihm keine Möglichkeit eingeräumt hat, in einem Ausschuss als Mitglied mit Rede- und Antragsrecht mitzuwirken."

Daraufhin änderte der Bundestag seine Geschäftsordnung. In Paragraf 57 Absatz 2 Satz 2 heißt es seitdem: "Der Präsident benennt fraktionslose Mitglieder des Bundestages als beratende Ausschussmitglieder." Das von Wüppesahl zugleich beantragte Stimmrecht im Ausschuss war vom Bundesverfassungsgericht allerdings als "überproportional wirkend" abgelehnt worden.

Eine Stärkung von Minderheitenrechten ergab auch das Organstreitverfahren von 17 PDS-Bundestagsabgeordneten, das diese gegen den Bundestag 1991 angestrengt hatten. Die Parlamentarier waren bei der ersten gesamtdeutschen Wahl am 2. Dezember 1990 in den Bundestag gewählt worden. Der Antrag der PDS-Abgeordneten, die Fraktionsmindeststärke herabzusetzen (31 Mitglieder), war vom Bundestag abgelehnt worden. Zugestanden wurde von der Bundestagsmehrheit ein speziell ausgestalteter Gruppenstatus. Im Ergebnis ihrer Klage sprach der Zweite Senat den Abgeordneten weitergehende Mitwirkungsrechte in den Gremien des Bundestages zu.

Die Entscheidungsformel des Urteils vom 16. Juli 1991 lautet: "Der Deutsche Bundestag verletzt die Rechte der Antragstellerin aus Artikel 38 Absatz 1 Satz 2 des Grundgesetzes dadurch, dass er ihr nicht das Recht auf Mitgliedschaft in den Unterausschüssen des Deutschen Bundestages eingeräumt und ihr die Rechte einer ,Fraktion im Ausschuss' vorenthalten hat, soweit sie aufgrund der Zahl ihrer Mitglieder zu einer Vertretung im Ausschuss berechtigt ist."

Erhebliche parteipolitische Bedeutung hatte der Beschluss des Bundesverfassungsgerichts vom 21. Mai 1996 zur Überprüfung von Bundestagsabgeordneten auf eine frühere Stasi-Mitarbeit. Nach Paragraf 44 Abgeordnetengesetz können die Abgeordneten auf eine Tätigkeit oder politische Verantwortung für den Staatssicherheitsdienst der ehemaligen DDR überprüft werden. Der PDS-Gruppenvorsitzende Gregor Gysi hatte sich gegen das Überprüfungsverfahren des Immunitätsausschusses gewandt und argumentiert, seine Rechte als Abgeordneter würden verletzt sowie sein Ruf als Rechtsanwalt und seine persönliche Ehre auf's Spiel gesetzt. Im übrigen habe er nicht als Inoffizieller Mitarbeiter der Stasi gearbeitet.

Das Gericht anerkannte, mit Rücksicht auf den verfassungsrechtlichen Status der Abgeordneten sei es nur in Ausnahmefällen erlaubt, ein Verfahren einzuführen, mit dem das Verhalten von Abgeordneten vor ihrer Wahl untersucht wird. Ein solcher Ausnahmefall liege aber in der "historischen Situation des Übergangs von der Diktatur zur Demokratie in den neuen Ländern", die eine Beschäftigung mit der Rolle des seinerzeit gefürchteten Staatssicherheitsdienstes und der in seine Machenschaften verstrickten Personen nahe legt. Allerdings gab das Gericht dem Bundestag auf, dem Betroffenen Beteiligungsrechte einzuräumen, die nicht nur rechtliches Gehör sichern, sondern die es ihm ermöglichen, aktiv am Zustandekommen des Untersuchungsergebnisses mitzuwirken. Das Verfahren nach Paragraf 44 Abgeordnetengesetz erfülle diese Voraussetzungen, doch sei angesichts der Beschränkung der Beweismittel Zurückhaltung bei der Beweiswürdigung geboten.