Im Finanzausschuss hatten Union und SPD 34 Änderungsanträge zum Regierungsentwurf vorgelegt, die mehrheitlich angenommen wurden. Sieben Änderungsanträge der FDP sowie vier Änderungsanträge der Bündnisgrünen sowie ein Entschließungsantrag dieser Fraktion fanden dagegen keine Mehrheit.
Eine wesentliche Änderung am Regierungsentwurf stellt der Verzicht auf eine Regelung dar, wonach Steuerschulden eines Schuldners nach Eröffnung der Insolvenz als „Masseverbindlichkeiten“ gelten sollten. Damit hätte der Fiskus die Möglichkeit erhalten, seine Steuerausfälle zu begrenzen und eine „Ungleichbehandlung“ zwischen ihm und den übrigen Gläubigern zu beseitigen. Die Koalitionsfraktionen unterstrichen, der Verzicht auf diese Regelung sei auf Bedenken der Rechtspolitiker zurückzuführen gewesen. Die Problematik der Steuerausfälle im vorläufigen Insolvenzverfahren bedürfe noch weiterer Erörterung, hieß es. Daher solle sie in einem anderen Gesetzgebungsverfahren spätestens im kommenden Jahr geregelt werden. Die Bündnisgrünen und die FDP hatten in ihren Änderungsanträgen ebenfalls die Streichung dieser Regelung vorgeschlagen.
Ein weiteres Anliegen der Oppositionsfraktionen betraf die pauschale Besteuerung von Sachzuwendungen eines Arbeitgebers an seine Beschäftigten oder Kunden. Hier hatte der Regierungsentwurf einen pauschalen Steuersatz von 45 Prozent vorgesehen, den die Koalitionsfraktionen nun auf 30 Prozent reduzierten. Daneben wurde die Begrenzung auf den Höchstbetrag von 10.000 Euro jährlich so gestaltet, dass sie nicht nur für alle insgesamt im Wirtschaftsjahr gewährten Zuwendungen gilt, wie es die Regierung vorgesehen hat, sondern auch für jede einzelne Zuwendung. Damit können einzelne Zuwendungen pauschal besteuert werden, bis der Höchstbetrag von 10.000 Euro erreicht ist. Weitere Änderungen besagen, dass bestimmte Sonderzahlungen von Arbeitgebern an Einrichtungen der betrieblichen Altersversorgung von Arbeitnehmern als Einnahmen aus nichtselbstständiger Arbeit versteuert werden müssen. Ausgenommen bleiben Sanierungsgelder, die vom Arbeitgeber an nicht kapitalgedeckte kommunale, kirchliche und betriebliche Zusatzversorgungskassen gezahlt werden.
Dagegen wird es bei der rückwirkenden Besteuerung von Steuerstundungsmodellen zum 1. Januar 2006 bleiben. Die FDP hatte in ihrem Änderungsantrag argumentiert, diese Rückwirkung werde von vielen Sachverständigen für verfassungswidrig gehalten. Die geplante Einschränkung solle daher erst vom kommenden Jahr an gelten. Die Koalition wies diese Argumentation mit dem Hinweis zurück, der Bundesfinanzhof habe eine „unechte“ Rückwirkung zugelassen. Um diese handele es sich, weil der Beschluss vor dem Ende des steuerlichen Veranlagungszeitraums 2006 zustande kam. Das Thema der Rückwirkung hatten die Bündnisgrünen auch in ihrem Entschließungsantrag aufgegriffen und einen grundlegenden „Kulturwandel“ im Besteuerungsverfahren verlangt. Sie schlugen vor, dass über Steuersparmodelle künftig bereits entschieden werden solle, bevor die Anleger entsprechende Investitionen getätigt hätten und nicht erst danach. Dies bedeute für sie mehr Planungssicherheit für ihre Investitionsentscheidungen.
Die SPD zeigte sich froh darüber, dass es bei der Rückwirkung bleibt. Damit werde deutlich gemacht, dass solche Gestaltungsmodelle nicht mehr zugelassen würden. Nur ein kleiner Teil von Anlegern ziehe einen Nutzen daraus. Das Festhalten an der Regelung sei ein Zeichen für die Entschlossenheit der Koalition, ihre Ankündigungen durchzusetzen. Auch die Union sprach von einem „guten Gesetz“, das durch die Änderungen noch besser geworden sei.
Die Liberalen monierten hingegen, dass ein Beitrag zur weiteren Steuervereinfachung und zur Transparenz des Steuerrechts nicht gelungen sei. Das rückwirkende Inkraftsetzen von Besteuerungstatbeständen stelle einen Vertrauensbruch gegenüber der Bevölkerung dar. Positiv sei der Rückzug in der Frage des Zugriffs des Fiskus im Insolvenzverfahren. Die Linke stellte fest, dass mit einem solchen Gesetz Vereinfachungen nicht gelingen könnten. Die Bündnisgrünen fügten hinzu, auf die insgesamt 231 Änderungen des Steuerrechts durch dieses Gesetz sollte die Koalition nicht stolz sein. Die Änderungsvorschläge der Koalition stellten Reparaturversuche an der bislang verfehlten Steuerpolitik dar. Auch die Grünen diagnostizierten „viele Verkomplizierungen und Nachbesserungen falscher Regelungen“.
FDP und Grüne hatten im Plenum Entschließungsanträge ( 16/3367 , 16/3363 ) vorgelegt, die keine Mehrheit fanden. Die Liberalen riefen die Regierung auf, den Entwurf zu überarbeiten und verfassungsrechtliche bedenkliche Regelungen zu streichen. Die Grünen forderten ein „verfassungsgemäßes Verfahren“ für die Schließung von Steuersparmodellen.