Ein Regierungsvertreter rief im Fachausschuss den Bundesrat dazu auf, eine entsprechende Verordnung zum Bundes-Immissionsschutzgesetz, die die Voraussetzung für den Emissionshandel sei, nicht länger zu blockieren. Vorschläge der Opposition, die Organisation des Emissionshandels den Bundesländern zu überlassen, lehnte die Exekutive mit Hinweis auf den Zeitdruck bis zum europaweiten Beginn des Emissionshandels ab. Die Regierung habe vor, die einzurichtende Emissionshandelsstelle mit 39 Arbeitskräften zu betreiben. Die Finanzierung sei durch Gebühren gedeckt. Geplant sei, pro Jahr etwa zehn Prozent der Industrieanlagen und Unternehmen, die am Emissionshandel teilnehmen, zu überprüfen.
Die CDU/CSU beantragte, den Haushaltsausschuss mit der Einrichtung der Emissionshandelsstelle zu befassen. Im Gegensatz zur Bundesregierung ist die Fraktion der Auffassung, dass es im laufenden Haushaltsgesetz keine Ermächtigung für die Einrichtung einer solchen Stelle gibt. Die Abgeordneten bemängelten zudem, dass die Bundesregierung noch keine Gebührenordnung für die am Handel teilnehmenden Unternehmen vorgelegt habe. Außerdem müsse klargestellt werden, wie hoch der Zeitaufwand für die Teilnahme am Emissionshandel für die einzelnen Betriebe werden wird. Die FDP forderte die Bundesregierung auf, die Organisation für den Emissionshandel den Bundesländern zu überlassen. Diese verfügten über genauere Kenntnisse der Anlagen und könnten somit Synergie-effekte herstellen. Nach Auffassung der Parlamentarier ist eine effektive fachliche Überprüfung der Anlagenbetreiber mit den anvisierten 39 Mitarbeitern nicht machbar.
Der Handel mit Zertifikaten für den Ausstoß von Treibhausgasen wie Kohlendioxid ist ein Instrument, um die Ziele des Kyoto-Protokolls zu erreichen. Deutschland hat sich verpflichtet, die Kohlendioxidemissionen bis zum Jahr 2012 im Vergleich zu 1990 um 21 Prozent zu senken.