Dem parlamentarischen Beratungsprozess der Föderalismusreform war ein langjähriger Streit der beiden Verfassungsorgane vorausgegangen. Bereits im Oktober 2003 hatten Bundestag und Bundesrat eine 32-köpfige Föderalismuskommission eingesetzt. Jede der beiden Kammern entsandte 16 Mitglieder. Unter dem Vorsitz des damaligen SPD-Fraktionsvorsitzenden Franz Müntefering und des bayerischen Ministerpräsidenten und CSU-Chef Edmund Stoiber sollte das Gremium bis Ende 2004 Vorschläge zur Neuordnung der bundesstaatlichen Ordnung erarbeiten.

Im Mai 2004 boten die Länder an, die Zahl der im Bundesrat zustimmungspflichtigen Gesetze zu reduzieren. Als Gegenleistung verlangten sie mehr Kompetenzen im Bereich der Bildung und beim Beamtenrecht.

Anfang Dezember 2004 stritten sich Bund und Länder über die Hochschulkompetenz. Den Ländern ging es vor allem darum, die Qualitätssicherung, den Hochschulzugang und die Abschlüsse selbst regeln zu können. Am 13. Dezember 2004 präsentierten die Verhandlungsführer Stoiber und Müntefering einen umfassenden Entwurf. Allerdings blieben unter anderem die Streitpunkte in den Bereichen Umwelt- und Hochschulrecht offen.

Da sich Bund und Länder über die Kompetenzverteilung in der Bildungs- und Hochschulpolitik nicht einigen konnten, erklärten Stoiber und Müntefering am 17. Dezember 2004 die Föderalismuskommission für gescheitert. Die Arbeit wurde beendet, Vorschläge wurden jedoch nicht vorgelegt.

Im März 2005 einigte sich Bundeskanzler Gerhard Schröder (SPD) mit der CDU-Vorsitzenden Angela Merkel und dem CSU-Vorsitzenden Stoiber darauf, einen neuen Anlauf zu versuchen. Im April vergangenen Jahres zeigten sich Stoiber und Müntefering optimistisch, sich auf ein Reformpaket verständigen zu können. Nachdem im Mai 2005 vorgezogene Bundestagswahlen angekündigt wurden, werden die Beratungen zunächst nicht wieder aufgenommen.

Bei den Koalitionsverhandlungen im vergangenen November einigten sich CDU, CSU und SPD auf eine Reform des Föderalismus. Danach soll in der Umwelt- und Bildungspolitik die Rahmenkompetenz des Bundes auf die Länder übergehen. Dagegen soll das Mitspracherecht des Bundesrates bei Bundesgesetzen beträchtlich eingeschränkt werden.

Im Dezember stimmten die Länderregierungschefs der Reform zu.

Mitte Februar 2006 einigten sich die Ministerpräsidenten der Länder und Bundesminister in einer Spitzenrunde auf eine Regelung der Kompetenzen in der Gesetzgebung.

Im März stimmten das Bundeskanbiett und 15 Länder dem Entwurf für die Föderalismusreform zu. Lediglich Mecklenburg-Vorpommern enthielt sich der Stimme. Die Reform wurde anschließend in erster Lesung im Bundestag beraten. Mitte Mai bis Anfang Juni fanden gemeinsame Anhörungen von Bundestag und Bundesrat in Berlin statt.

Die Große Koalition beriet in der zweiten Junihälfte nach anhaltender Kritik aus der SPD über die Forderungen, mit denen sie in die Schlussverhandlungen mit den Ländern gehen wollte. Der Bund bot an, Gelder für den Ausbau der Hochschulen geben zu können. Ende Juni einigten sich Bund und Länder, dass der Bund künftig mit Zustimmung der Länder Vorhaben der Wissenschaft und Forschung an den Hochschulen fördern kann.

Am 30. Juni verabschiedete der Bundestag und am 7. Juli der Bundesrat die Reform.