Der Haushalt der Europäischen Union wird entsprechend dem EU-Gründungsvertrag aus Eigenmitteln finanziert. Wie diese Finanzierung aussieht, legt der Europäische Rat auf Vorschlag der EU-Kommission fest. Im Juni 2007 einigten sich die Mitgliedstaaten auf eine Änderung des so genannten Eigenmittelsystems. Mit den Stimmen der Koaltion verabschiedet der Bundestag am 10. April einen Gesetzentwurf ( 16/7686), mit dem künftig eine gerechtere Lastenverteilung innerhalb der EU erreicht werden soll. Die Linke stimmte gegen den Entwurf, während sich FDP und Bündnis 90/Die Grünen der Stimme enthielten. Mit der neuen Regelung soll sichergestellt werden, dass kein Mitgliedstaat übermäßig belastet wird.
Axel Schäfer (SPD) wies in der Debatte auf die Größenordnung des EU-Haushalts hin: "Der Bundeshaushalt hat ein Volumen von 283 Milliarden Euro, der europäische Haushalt von nur 129 Milliarden Euro", sagte Schäfer. Gleichzeitig mahnt er eine weitere Reform der gemeinsamen Agrapolitik an. Auch Michael Link (FDP) wies auf die Größe des EU-Haushalts hin: "Wenn unser Beitrag ein Einzelplan wäre, wäre es der fünftgrößte im Bundeshaushalt", sagte er. Eine EU-Steuer zur Finanzierung der Gemeinschaft lehnte er ab. Die CDU/CSU Fraktion betonte, dass das Gesetz "ein deutlicher Fortschritt gegenüber dem bisherigen Eigenmittelbeschluss aus dem Jahr 2000" sei, so Helmut Lamp. Er hob hervor, dass Deutschland insgesamt eine Milliarde Euro weniger an die EU überweise. Rainder Steenblock (Bündnis 90/Die Grünen) sagte, es sei kein Grund zum Jubeln, "eine Milliarde Euro aus dem EU-Haushalt wieder in unseren Haushalt zu transferieren". Die Zahlungen müssten sich vielmehr an den Aufgaben orientieren. Dieter Dehm (Linke) kritisierte die Strategie und erklärte, dass "der Haushalt der EU weit unter einer strukturpolitisch vernünftigen Größe" liege. Er forderte daher die Erhöhung der Eigenmittel, aber einen Abbau der Mittel für militärische Zwecke.