Die Wahl des Bundestagspräsidenten und seiner Stellvertreter erfolgt in der konstituierenden Sitzung des Bundestages, also direkt in der ersten Sitzung des neuen Parlaments.
Traditionell wird der Bundestagspräsident von der stärksten Fraktion gestellt und erhält in der Regel bei der geheimen Wahl auch Stimmen von vielen Abgeordneten der anderen Fraktionen.
Erreicht kein Kandidat die absolute Mehrheit der Mitglieder des Bundestages im ersten Wahlgang, dann kommt es zu einem zweiten Wahlgang, unter Umständen mit neuen Bewerbern. Erhält auch diesmal kein Bewerber die absolute Mehrheit, kommen die beiden Bewerber mit den höchsten Stimmenzahlen in einen dritten Wahlgang, bei dem die einfache Mehrheit der abgegebenen Stimmen entscheidet. Bei Stimmengleichheit entscheidet das Los durch die Hand des amtierenden Präsidenten.
Nachdem der Bundestagspräsident seine Wahl angenommen und die Leitung der konstituierenden Sitzung vom Alterspräsidenten übernommen hat, lässt er einzeln über seine Stellvertreterinnen und Stellvertreter abstimmen.
Die Zahl der Stellvertreter ist nicht vorgeschrieben. Seit 1994 sieht die Geschäftsordnung aber für jede Fraktion die Entsendung mindestens einer Vizepräsidentin beziehungsweise eines Vizepräsidenten vor. In der 16. Wahlperiode gibt es vier Vizepräsidentinnen und zwei Vizepräsidenten: Wolfgang Thierse (SPD), Gerda Hasselfeldt (CDU/CSU), Susanne Kastner (SPD), Hermann Otto Solms (FDP), Petra Pau (DIE LINKE.), Katrin Göring-Eckardt (BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN).
Sie sind wie der Präsident für die Dauer der Wahlperiode gewählt und können nicht abberufen werden. Zusammen mit dem Bundestagspräsidenten bilden sie das Präsidium. Sie sind zugleich Mitglieder des Ältestenrates.