Einer der häufigsten Vorwürfe an die EU lautet, sie sei eine für Außenstehende undurchschaubare Bürokratie. Mit einer Transparenzinitiative wollte die Kommission 2005 diesen Vorwurf entkräften. Die Mitgliedstaaten sollen künftig offenlegen müssen, wohin welche Gelder fließen. Sowohl die FDP als auch die Grünen brachten dazu im September 2006 Anträge ein, in denen sie mehr Transparenz forderten. Auf der Basis der Beschlussempfehlung ( 16/5287 ) des EU-Ausschusses lehnte die Koalition die Anträge am 11. Mai im Plenum gegen die Stimmen von FDP und den Grünen bei Enthaltung der Linksfraktion ab. In dem Antrag ( 16/2203 ) hatte sich die FDP für eine aktive Umsetzung der Richtlinie ausgesprochen. Die Grünen hatten in ihrem Antrag ( 16/2518 ) vor allem dafür plädiert, die Agrarsubventionen transparenter zu machen. Sie hatten sich außerdem in einem weiteren Antrag dafür eingesetzt, im Rahmen der Transparenzrichtlinie keine Bagatellgrenze einzuführen. Zudem sollte die Vergabe von Fördermitteln der EU durch Behörden des Bundes auf einer Website öffentlich gemacht werden. Auch dieser Antrag wurde auf der Basis der Beschlussempfehlung ( 16/5288 ) von der Koalition am 11. Mai im Plenum abgelehnt. Die Linksfraktion enthielt sich dabei ebenfalls der Stimme. Michael Roth (SPD) rechtfertigte die Enscheidung: "Wir haben erreicht, was wir von Beginn an wollten." Veronika Bellmann (CDU/CSU) sprach sich dafür aus, auf einheitliche Maßstäbe bei der Richtlinie zu achten. Für die FDP bezeichnete Markus Löning das Vorgehen der Fraktion als "Lachnummer" und kritisierte, dass bestimmte Zahlen vor 2009 nicht veröffentlicht würden. Auch Hüseyin-Kenan Aydin von der Linken kritisierte die Regierung und sagte, dass ihr die Wahrheit "abgerungen" werden müsse. Und Bärbel Höhn (Bündnis90/Die Grünen) warnte davor, Zahlen erst später zu veröffentlichen: "Sie schüren die Neiddebatte nur dort, wo die Menschen nicht wissen, woran sie sind."