Am 16. November 2001 hatte der Bundestag der Beteiligung von bis zu 3.900 Soldaten an der Operation "Enduring Freedom" zugestimmt. Zu den Maßnahmen gegen den internationalen Terrorismus gehört vor allem die Entsendung von Einheiten der Deutschen Marine, die am Horn von Afrika den Seeraum überwachen und mögliche Bewegungen von Terroristen zwischen der Arabischen Halbinsel und der afrikanischen Küste zu verhindern suchen ("Rasterfahndung auf See"). Gegenwärtig sind im Rahmen der Task Force 150 eine Fregatte sowie ein Seefernaufklärer vom Typ Breguet Atlantic, die als Abstützpunkt Dschibuti nutzen, im Einsatz. Der Bundestag hat das Mandat am 14. November 2003 um ein Jahr verlängert, allerdings nur noch 3.100 Soldaten auf Abruf bereit gestellt. Die ABC-Abwehrkräfte sind aus dem Kontingent herausgenommen worden.
Die Deutsche Marine unterstützt den Kampf gegen den internationalen Terrorismus zudem durch Beteiligung an der seit dem 26. Oktober 2001 laufenden Operation "Active Endeavour". Sie dient der Überwachung des Mittelmeers und soll den dortigen Schiffsverkehr vor Übergriffen der Al Qaida und ähnlichen Gruppierungen schützen. Dieses Unternehmen wurde am 10. März 2003 um die Operation "Strait of Gibraltar" erweitert, um die Zugänge zum westlichen Mittelmeer besser zu kontrollieren. Deutschland beteiligte sich mit Unterbrechungen von Anfang Oktober 2003 bis Ende Juni 2004 an dieser Mission, zu der zuletzt 180 Soldaten abgestellt waren. Zurzeit hat die Bundeswehr noch circa 290 Soldaten am Horn von Afrika und 220 Soldaten im Mittelmeer im Einsatz (Stand: 9. September 2004). Zeitweise waren bis zu 1.500 Mann der Operation "Enduring Freedom" zugeordnet.
Zwei weitere überaus beachtete Einsätze sind mittlerweile abgeschlossen: Vom 10. Februar 2002 bis zum 4. Juli 2003 war eine ABC-Abwehrtruppe in Kuwait stationiert, die während des Irak-Krieges auf 200 Mann aufgestockt wurde. Offiziell hatte die Bundeswehr den Auftrag, das Emirat im Falle von terroristischen Angriffen mit Massenvernichtungswaffen zu unterstützen.
Von Januar 2002 bis September 2003 waren in Afghanistan zudem circa 100 Mitglieder des 1996 gegründeten Kommandos Spezialkräfte (KSK) gegen versprengte Kräfte der Taliban und der Al Qaida eingesetzt.
Weitere Missionen, die in der Öffentlichkeit weniger beachtet wurden, können ebenfalls dem Kampf gegen den Terrorismus zugerechnet werden. Durch die Operation "Eagle Assist" waren sieben Frühwarnflugzeuge der NATO-AWACS-Flotte von Geilenkirchen aus in die USA verlegt worden. Circa 50 deutsche Soldaten beteiligten sich bis zum Abschluss der Operation am 16. Mai 2002 an diesem Einsatz. Zudem hatten vom 26. November 2001 bis zum 10. Januar 2002 drei Transall C-160 zwischen Ramstein und Incirlik Transportflüge durchgeführt. Diese Maßnahmen dienten in erster Linie der Entlastung der USA, was auch in dem Schutz amerikanischer Einrichtungen in Deutschland durch Soldaten der Bundeswehr seinen Ausdruck findet. Als weiterer Beitrag zur Anti-Terror-Koalition kann seit dem 23. November 2001 die Bereitstellung eines Airbus A310 MedEvac zum Kranken- und Verwundetentransport betrachtet werden.
Die Operation "Enduring Freedom" wird in Afghanistan durch die International Security Assistance Force (ISAF) ergänzt. Am 22. Dezember 2001 hat der Bundestag der Beteiligung der Bundeswehr zugestimmt, deren Aufgabe es ist, die Arbeit der Übergangsregierung in Kabul unter Führung von Hamid Karzai abzusichern. Deutschland beteiligt sich seit Januar 2002 an der internationalen Schutztruppe, deren Stärke bis zu den Präsidentschaftswahlen im Oktober von derzeit 6.500 auf 10.000 Soldaten erhöht werden soll. Die Bundeswehr stellte im September mit circa 2.115 Mann eine der tragenden Säulen der Schutztruppe dar. Der logistische Nachschub erfolgt vor allem über Termes in Usbekistan, auf dessen Flugplatz ein Lufttransportstützpunkt mit circa 200 Soldaten eingerichtet worden ist.
Am 24. Oktober 2003 hat der Bundestag den Einsatz der Bundeswehr bis zum 13. Oktober 2004 verlängert und die Entsendung eines Provincial Reconstruction Team (PRT) mit einer maximalen Stärke von 450 Soldaten in die nordafghanische Stadt Kundus beschlossen, wo es das amerikanische Kontingent ablöste. Insgesamt dürfen maximal 2.250 deutsche Soldaten am Hindukusch eingesetzt werden. Das Mandat wird voraussichtlich in dieser Woche vom Bundestag verlängert (siehe Seite 5).
Seit Juli 2004 befindet sich ein zweites PRT der Bundeswehr im circa 150 Kilometer von Kundus entfernten Feisabad im Aufbau. Am 1. September hat es offiziell seine Arbeit aufgenommen.