Die Umsetzung der sogenannten Bologna-Beschlüsse sollte der FDP-Frakion zufolge durch eine angemessene Finanzierung der Hochschullehre begleitet werden. Über die Finanzierung des verstärkten Betreuungs- und Verwaltungsaufwandes, der sich durch die Umstellung der Studiengänge auf Bachelor- und Master-Abschlüsse ergebe, müssten sich Bund und Länder verständigen, schreiben die Liberalen in ihrem Antrag ( 16/11910), der am 2. Juli mit zwei weiteren Anträgen der Fraktion Bündnis 90/Die Grünen vom Bundestag beraten wurde. Auch die Arbeitgeber sollten sich nach dem Willen der FDP engagieren, indem sie ebenfalls Stipendien vergeben, sich für die Akzeptanz der neuen Abschlüsse einsetzen und Berufsanfänger angemessen bezahlen. Ein wissenschaftliches Studium müsse honoriert werden, heißt es in dem Antrag der FDP-Fraktion, der bei Enthaltung von Bündnis 90/Die Grünen von den übrigen drei Fraktionen abgelehnt wurde. Allerdings gestanden die Koalitionsfraktionen zu, dass es Nachbesserungen bedürfe. Die CDU/CSU-Fraktion erwähnte besonders die Hochschulen, "die die Vorgaben zu dem Bachelor-Master-System sehr strikt eingehalten hätten, obwohl dies im Bologna-Prozess nicht unbedingt vorgegeben" worden sei, heißt es in der Beschlussempfehlung des Bildungsausschusses ( 16/13586). Für die SPD-Fraktion soll in Zukunft das Thema "Sozialberatung" eine größere Rolle spielen. Die Fraktion Die Linke kritisierte in diesem Zusammenhang die ihrer Ansicht nach fehlende soziale Komponente am Hochschulpakt II. Eine bessere Beratung hatten auch die Liberalen gefordert. Bund und Länder sollten sich zusammen mit den Studentenwerken und Hochschulen um eine vesrbesserte Beratung für Studierende kümmern. Daneben müssten die Hochschulen dafür sorgen, dass im Ausland erbrachte Studienleistungen zügig anerkannt würden.
Die Grünen forderten die Regierung in ihrem Antrag ( 16/12736) auf, gemeinsam mit den Ländern die eingeleitete Studienstrukturreform in eine Lehr- und Qualitätsreform münden zu lassen, die die Studenten in den Mittelpunkt stelle. Dieser und ein weiterer Antrag ( 16/12476), in dem die Grünen forderten, das Problem der ungenutzten Studienplätze in zulassungbeschränkten Studiengängen zu lösen, wurden abgelehnt.