Der Bundesrat hat das Gleichbehandlungsgesetz als zu detailliert und bürokratisch kritisiert. Man erwarte grundsätzlich, dass EU-Richtlinien eins zu eins umgesetzt werden. Die Richtlinien zur Gleichbehandlung verlangten nicht, dass alle Kriterien, die für das Arbeitsrecht gelten, auch für das gesamte Zivilrecht Anwendung finden. Dies führe lediglich zu überflüssigen Belastungen für das Wirtschafts- und Rechtsleben. Das zivilrechtliche Benachteiligungsverbot solle auf das europarechtlich notwendige Maß sowie auf Massengeschäfte beschränkt werden. Dabei sei insbesondere auszuschließen, dass ein umfassendes Diskriminierungsverbot auch private Mietverträge erfasse.
In einer toleranten und aufgeklärten Gesellschaft, so Hamburgs Erster Bürgermeister Ole von Beust (CDU), dürften derartige Diskriminierungen keinen Platz haben. Dies sei der Wille Europas, aber auch der Wille von Bundesregierung, Bundestag und Bundesrat. Dennoch sei Gleichbehandlung noch lange nicht Realität in unserer Gesellschaft. Der von Hamburg vorgelegte Antrag unterstütze daher auch die Bundesregierung in ihrer Verpflichtung, die EU-Richtlinine umzusetzen. Allerdings gehe der vorliegende Gesetzentwurf unnötigerweise über die Ziele Brüssels hinaus.
Der Entwurf wecke falsche Hoffnungen und nähre unhaltbare Illusionen bei all denen, die heute Opfer von Diskriminierung sind. Außerdem enthalte er überflüssige Belastungen für dasWirtschafts- und Rechtsleben, die nicht zwingend vorgegeben worden seien. Man erwarte eine "Eins-zu-eins-Umsetzung" der Richtlinie - nicht mehr und nicht weniger. Hamburg wolle mit seinem Antrag das Gesetz nicht verzögern, sondern verbessern, so von Beust. Dazu fordere man eine Beschränkung des zivilrechtlichen Benachteiligungsverbots auf das europarechtlich Notwendige, sowie auf Massengeschäfte, ebenso wie den Ausschluss des umfassenden Diskriminierungsverbots auf private Mietverträge. Die Beweislastregelung müsse neu gefasst werden und das zusätzliche Klagerecht des Betriebsrates oder der Gewerkschaft gestrichen werden. Dieses sei im Betriebsverfassungsgesetz ausreichend geregelt. Ebenso müsste im Falle von Entlassungen das Kündigungsschutzgesetz gelten. Die Möglichkeit des Verbandsklagerechtes für Antidikriminierungsverbände müsse ebenfalls abgeschafft werden, heißt es im Hamburger Antrag für den Ole von Beust eindringlich warb. Sollte die Vorlage der Bundesregierung unverändert bleiben, seien Bürokratiezuwachs und Rechtsunsicherheit die zu erwartenden negativen Folgen.
Auch der Nordrhein-Westlälische Ministerpräsident Jürgen Rüttgers (CDU) plädierte für Änderungen an der Gesetzesvorlage. Zwar begrüße er die Gleichbehandlungsrichtlinien der EU ausdrücklich, sei jedoch enttäuscht, dass einige in Deutschland wieder einmal besondern vorbildlich sein wollten, so Rüttgers. Doch anstatt mit dem Gesetz für Klarheit und Sicherheit zu sorgen, habe man das Gegenteil erreicht. An keiner Stelle werde nämlich geklärt, was genau eine "Benachteiligung" sei oder wann es sich nun genau um eine "Belästigung" handle. Es würden vage Anspruchsgrundlagen geschaffen, deren Konkretisierung den Richtern überlassen blieben. Angesichts der ohnehin schon überlasteten Gerichte sei dies nicht hinnehmbar. "Der Gesetzgeber darf und kann sich hier nicht seiner Verantwortung entziehen", forderte Rüttgers, der außerdem die Schaffung einer Antidiskriminierungsstelle kritisierte. Wer ständig über Leistungskürzungen, Subventionsabbau und Haushaltskonsolidierung rede, könne nicht ohne Not eine neue Behörde schaffen, die jährlich 5,6 Millionen Euro verschlingen werde.
Die baden-württembergische Landesregierung, so Wolfgang Reinhart (CDU), Minister für Bundesangelegenheiten, setze sich schon immer für die Bekämpfung von Diskriminierung ein. Allerdings lasse sich ein Umdenken der Gesellschaft zu einem diskriminierungsfeien Miteinander nicht allein durch Rechtsvorschriften erzwingen, auch wenn der vorliegenden Gesetzentwurf dies suggeriere. Wichtig sei vor allem eine praxistaugliche Umsetzung der EU-Richtlinie in nationales Recht. Anders könnten mögliche Diskriminierungen nicht wirksam bekämpft werden. Eine solche praxistaugliche Umsetzung müsse das Ziel haben, keine neue "Bürokratiemonster" in die Welt zu setzen. Bund und Länder hätten sich den Bürokratieabbau auf die Fahnen geschrieben - nun gelte es, den Worten Taten folgen zu lassen. Verglichen mit dem früheren Entwurf der rot-grünen Bundesregierung sei die Vorlage auf einem guten Weg, die EU-Richtlinie angemessen umzusetzen. Dennoch seien Änderungen nötig. Diese Ansicht unterstützten weite Teile der Bevölkerung, ebenso wie Vertreter der Unternehmen und der Wirtschaftsverbände.
Neben einem Ausufern der Bürokratie wird vor allem die entstehende Rechtsunsicherheit kritisiert. Ein Punkt werde dabei oft genannt, der zumeist als "nicht erforderlich" oder gar als "kontraproduktiv" angesehen werde: das geplante Verbandsklagerecht für Gewerkschaften und Betriebsräte. Dies sei in der Richtlinie nicht vorgesehen und schaffe in den Betrieben Unfriede und Unruhe, nicht zuletzt, da dieses Klagerecht auch gegen den Willen des vermeintlich diskriminierten Arbeitnehmers eingesetzt werden könne. Dies könne nicht das Ziel eines Gesetzes sein, dass sich gegen Diskriminierung einsetze und damit gerade für ein besseres "Miteinander" werben solle. Der niedersächsische Wirtschaftsminister Walter Hirche (FDP) lehnte das Gesetz ab und sprach von einem "Anschlag auf Arbeitsplätze". Insbesondere für kleine und mittelständische Unternehmen bestünde nun eine große Unsicherheit bei Neueinstellungen. Es sei verständlich, wenn nun als Reaktion Stellen gar nicht besetzt würden. Dies könne jedoch nicht im Interesse des Gesetzgebers sein.
Justiz-Staatssekretär Lutz Diwell verteidigte die Vorlage. Der Entwurf setze die vier EU-Richtlinien im überwiegenden Teil eins zu eins um. Über die EU-Vorgaben werde nur dort hinausgegangen, wo dies "unerlässlich" sei. Mit dem Gesetzentwurf folge die Bundesregierung dem auch von anderen Staaten - wie etwa Großbritannien oder den Niederlanden - eingeschlagenen Weg.