Der Mindestanteil des Biokraftstoffes an der Gesamtmenge des von einem Mineralölkonzern in den Handel gebrachten Benzins und Diesels soll im Jahr 2009 5,7 Prozent und vom Jahr 2010 an sechs Prozent betragen. Bei Diesel soll sich der Biokraftstoffanteil auf mindestens 4,4 Prozent belaufen, bei Benzin in den Jahren 2007 bis 2009 mindestens zwei Prozent und vom Jahr 2010 an mindestens drei Prozent. Die Quotenverpflichtung der Unternehmen knüpft nach Darstellung der Regierung an die Energiebesteuerung an, damit sie unbürokratisch und mit vertretbaren Kosten für Verbraucher und Mineralölwirtschaft umgesetzt werden kann. Damit die Unternehmen, die gegen ihre Quotenpflicht verstoßen, wirtschaftlich nicht besser gestellt werden als die gesetzestreuen, hat die Regierung eine Sanktionsregelung vorgesehen.

Biokraftstoffe, die unter die Quote fallen, werden künftig nicht mehr steuerlich begünstigt. Allerdings soll die Steuerbegünstigung für reine Biokraftstoffe, die nicht zur Erfüllung der Quote eingesetzt werden, weiterhin bestehen bleiben. Auch die in der Landwirtschaft eingesetzten reinen Biokraftstoffe sollen steuerfrei bleiben. Nach Auffassung der Regierung erhalten die in der Entwicklung befindlichen Biokraftstoffe der zweiten Generation eine "verlässliche Perspektive", indem sie bis 2015 - auch innerhalb der Quote - eine allerdings degressive Steuerbegünstigung erhalten. Biogas und Bioethanol sollen ebenfalls bis Ende 2015 steuerbegünstigt bleiben.

Darüber hinaus sind Änderungen des Energie- und Stromsteuergesetzes geplant, wonach die Systematik des Spitzenausgleichs zugunsten energieintensiver Unternehmen in modifizierter Form auch nach 2006 beibehalten bleiben kann. Hier stehe aber die beihilferechtliche Genehmigung aus Brüssel noch aus. Nach dem Spitzenausgleich können sich energieintensive Unternehmen 95 Prozent der Differenz zwischen gezahlter Strom- und Mineralölsteuer und der Entlastung durch die Senkung des Rentenversicherungsbeitrages erstatten lassen. Ferner ist vorgesehen, weitere Begünstigungsregelungen für das produzierende Gewerbe und die Land- und Forstwirtschaft zu ändern oder einzuführen. Die weitgehende Aufhebung der Steuerbegünstigung für Biokraftstoffe und die Einführung einer Quote wird nach den Prognosen der Regierung zu Mehrkosten für die Wirtschaft führen, weil die Herstellungskosten und damit auch die Marktpreise höher sind als die der fossilen Kraftstoffe. Daher dürfte es zu einem leichten Anstieg der Kraftstoffpreise kommen, wenn die Mehrkosten von den Unternehmen auf die Abnehmer umgelegt werden.