Sieben Jahre lag die Vereinigung der beiden deutschen Staaten bereits zurück, die Aufarbeitung der SED-Diktatur und die Überwindung der Vorurteile zwischen Ost und West sollte gerade erst beginnen. Seit 1992 beschäftigten sich am Bundestag zwei Enquête-Kommissionen mit der Geschichte der SED-Diktatur. Eine Bundesstiftung sollte sich fortan der Aufarbeitung widmen - dies schlug die Kommission in ihrem Zwischenbericht vor, den ihr Vorsitzender Rainer Eppelmann (CDU) am 28. Oktober 1997 Bundestagspräsidentin Rita Süßmuth (CDU) überreichte.
Die Aufarbeitung der Geschichte der DDR sei von großer Bedeutung für die Entwicklung einer stabilen demokratischen Kultur und die Festigung des antitotalitären Konsenses, schrieb die Kommission in ihrer Empfehlung. Zu den Aufgaben sollte die Unterstützung gesellschaftlicher Initiativen, die Hilfe für Opfer, die wissenschaftliche Aufarbeitung der Diktatur, die Archivierung von Dokumenten des Widerstands sowie die Erinnerung an die deutsche Teilung gehören. Viele dieser Initiativen, so Rainer Eppelmann damals, seien angesichts der allgemeinen Sparmaßnahmen in ihrem Bestand gefährdet und benötigten rasche Hilfe.
Am 5. Juni 1998 verabschiedeten die Parlamentarier schließlich entsprechend den Vorschlägen der Enquête-Kommission eine gesetzliche Grundlage für eine "Stiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur", die noch im Herbst in Berlin ihre Arbeit aufnehmen konnte. Im Stiftungsrat sitzen Vertreter des Bundestages, der Bundesregierung, des Landes Berlin und in punkto Aufarbeitung besonders engagierte Personen. Ein ehrenamtlicher Vorstand, noch heute unter dem einstigen Kommissions-Vorsitzenden Rainer Eppelmann, führt die Geschäfte der Stiftung. Seit nunmehr fast zehn Jahren widmet sie sich der Forschung, der Projektarbeit, sammelt Materialien oder unterstützt die Opfer politischer Verfolgung. Die Stiftung engagiert sich außerdem in der internationalen Zusammenarbeit bei der Aufarbeitung von Diktaturen und vergibt Stipendien und Preise.