Die Entscheidung fiel am 20. Juni 1991, nach einer fast zwölfstündigen, leidenschaftlichen Debatte des Bundestages, bei der insgesamt 104 Redner zu Wort kamen. Im provisorischen Plenarsaal, dem ehemaligen Wasserwerk, gab Präsidentin Rita Süssmuth (CDU) um 21.49 Uhr das Ergebnis bekannt. 338 Abgeordnete stimmten für den Umzug von Parlament und Regierung nach Berlin. Eine knappe Mehrheit: Denn 320 Mitglieder des Bundestages befürworteten erfolglos, zwar den Bundesrat und den Sitz des Bundespräsidenten nach Berlin zu verlegen, Parlament und Regierung aber in Bonn zu belassen.
Am 28. Oktober 1991 wurde die Baukommission des Bundestages eingesetzt. Den Vorsitz übernahm der CDU-Abgeordnete Dietmar Kansy. Nachdem 1993 der britische Architekt Sir Norman Foster den Auftrag zum Umbau des Reichstagsgebäudes erhalten hatte, war es die von der damaligen Bundestagspräsidentin stark unterstützte Baukommission, die stellvertretend für das Parlament als Partner Fosters fungierte - so auch beim Streit um den Kuppelbau. Ursprünglich hatte der Architekt gar keine Kuppel vorgesehen. Kansy erinnert sich: "Mit einer Stimme Mehrheit in der Baukommission und gegen den erklärten Willen des Architekten fiel die Entscheidung für eine Kuppel." Foster legte in der Folge 27 verschiedene Kuppelformen vor, ehe er am 10. Februar 1995 die endgültige Lösung fand: eine Konstruktion aus Glas und Stahl.
Das Reichstagsgebäude ist nach dem Kölner Dom das am meisten besuchte Gebäude Deutschlands. Im Jahr 2008 besichtigten 754.024 vom Besucherdienst des Bundestages betreute Gäste den Parlamentssitz mit seiner Glaskuppel, die einen Umfang von 3.000 Quadratmeter hat. Dazu kamen 203.554 Besucher der Historischen Ausstellung des Bundestages im Deutschen Dom, die danach ebenfalls das Reichstagsgebäude besuchten. Weitere 224.250 Besucher, die nicht vom Besucherdienst betreut wurden - etwa Gäste der Abgeordneten und Fraktionen - wurden an den Eingängen gezählt. Die Zahl der Gäste, die ausschließlich Dachterrasse und Kuppel besichtigten, lag bei etwa zwei Millionen. So ergibt sich für 2008 eine Gesamtzahl von mehr als drei Millionen Besuchern im Bundestag.
Der Bundestag tagt wieder in Bonn - und zwar am 7. September 2009 aus Anlass des 60. Parlamentsgeburtstages. Die Idee geht auf einen Vorschlag des Bonner CDU-Abgeordneten Stephan Eisel zurück, den Bundestagspräsident Norbert Lammert (CDU) dem Ältestenrat vorgelegt hat. Zur Jubiläumssitzung sollen auch die früheren Mitglieder des Parlaments eingeladen werden. Damit kommen zu den 612 aktuellen Bundestagsabgeordneten mehr als 1.200 frühere Volksvertreter.