Sechs Jahre dauerte sie; hunderte von Zeitzeugen wurden gehört - die Enquete-Kommissionen des Bundestages, die sich mit der Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Herrschaft und mit deren Überwindung im Prozess der deutschen Einheit beschäftigten. Das am 12. März 1992 einstimmig beschlossene Gremium hatte 43 Mitglieder, darunter 32 Abgeordnete und elf Sachverständige. Der Arbeitsauftrag lautete unter anderem, bei der "politischen und moralischen Rehabilitierung der Opfer" mitzuhelfen. Oberstes Ziel, so der Beschluss ( 12/2597), müsse es sein, "die Strukturen, Strategien und Instrumente der SED-Diktatur" zu analysieren. Dazu sollte die Kommission vor allem Gespräche und Anhörungen mit Wissenschaftlern und Betroffenen durchführen. Umfangreiche Forschungsarbeiten gehörten ebenfalls zum Ziel der Kommission. Sie sollte, wie es Willy Brandt (SPD) im Bundestag formulierte, "einen wichtigen Beitrag zu dem, was wirklich war und was nicht in Vergessenheit geraten darf" leisten.

Die Geschichte und die Folgen der SED-Diktatur politisch aufzuarbeiten, sei eine gemeinsame Aufgabe aller Deutschen. Ihr komme auf dem Weg zur inneren Einigung Deutschland besonderes Gewicht zu, hieß es im Beschluß zur Einsetzung der Enquete-Kommission.

Doch es gab auch kritische Stimmen. Für Uwe-Jens Heuer (PDS) hatte die Stimmung in den anderen Fraktionen viel vom Kalten Krieg. Er befürchtete, dass die "sehr komplexe Geschichte der DDR von vorneherein verkürzt als Unrechtsgeschichte definiert" werde.

Zwei Jahre später, im Mai 1994, legte die Kommission einen ersten Bericht ( 12/7820) vor. Die Parlamentarier lobten die Arbeit, waren sich aber einig, dass nicht genug Handlungsempfehlungen für den Bundestag abgegeben wurden. Sie beschlossen eine zweite Kommission in der folgenden, der 13. Legislaturperiode einzurichten. Bundestagspräsident Wolfgang Thierse (SPD) konnte nach Abschluss der Arbeiten das Fazit ziehen, das Ziel, die "zurückliegenden 40 Jahre unterschiedlicher, getrennter, ja entfremdender Entwicklung öffentlich und differenziert zur Sprache zu bringen und damit die innere Einheit zu befördern", sei erreicht worden.

Seit Ende 1998 kümmert sich eine Bundesstiftung um die langfristige Auseinandersetzung mit der SED-Diktatur. Sie soll unter anderem die Beratung und Betreuung von Opfern politischer Verfolgung unterstützen und zur Dokumentation des Widerstands gegen die SED-Diktatur beitragen. Bislang war die Stiftung an rund 1.700 Ausstellungen und Publikationen zur Auseinandersetzung mit der kommunistischen Diktatur in Deutschland beteiligt.