Ganz unter dem Eindruck der Ereignisse in Wien und Berlin stehen auch die in Frankfurt im Herbst begonnenen Beratungen über die machtpolitischen und institutionellen Elemente der Verfassung, in denen die Grenzen des zukünftigen Reichsgebiets festgelegt und das Reichsoberhaupt bestimmt werden sollen. Als die Habsburgermonarchie im Zuge der Gegenrevolution auf ihre territoriale Einheit unter Einschluss der nichtdeutschen Landesteile besteht, setzen sich in der Paulskirche die Anhänger einer kleindeutschen Lösung ohne Österreich durch. Die am 27. März 1849 verabschiedete Verfassung sieht einen Bundesstaat mit Zweikammersystem vor, an dessen Spitze der preußische Monarch, Friedrich Wilhelm IV. stehen soll. Als ihm eine Abordnung des Frankfurter Parlaments die Krone anträgt, lehnt er sie mit dem brüsken Bescheid ab, dass das Gottesgnadentum des Königs keiner parlamentarischen Legitimation bedarf. Auch die Anerkennung der Verfassung durch 28 Regierungen verleiht der parlamentarischen Initiative kaum mehr Zugkraft, zumal die größeren deutschen Staaten die Konstitution weiterhin ablehnen.

Während die Nationalversammlung an der Frage, ob die Reichsverfassung auch ohne Zustimmung aller Einzelstaaten in Kraft zu setzen sei, auseinander bricht und sich ein "Rumpfparlament" aus linken Abgeordneten nach Stuttgart absetzt, entsteht seit Mai 1849 eine Volksbewegung, die die Anerkennung der Reichsverfassung gewaltsam durchsetzen will. Die Schwerpunkte der nun einsetzenden bewaffneten Aufstände liegen in Sachsen, in der Pfalz und in Baden. Sie scheitern einerseits an der mangelnden Unterstützung der Bevölkerung, hauptsächlich aber an der Übermacht des Militärs. Mit der Auflösung des Stuttgarter Rumpfparlaments und der Eroberung der badischen Festung Rastatt am 23. Juli 1849 wird auch der letzte revolutionäre Widerstand gebrochen.