Der Haushaltsausschuss ist auch in der 17. Wahlperiode mit 41 Mitgliedern der größte aller 22 ständigen Ausschüsse. Seine Hauptaufgabe besteht darin, den von der Bundesregierung jährlich vorzulegenden Entwurf des Bundeshaushalts (§ 95 der Geschäftsordnung des Bundestages) federführend zu beraten.

Der Ausschuss setzt zu diesem Zweck für jeden Einzelplan des Haushalts Ausschussmitglieder von jeder Fraktion als Berichterstatter ein. Diese beschäftigen sich nach Vorlage des Haushaltsentwurfs intensiv mit dem Finanzierungsbedarf im Einzelplan des jeweiligen Verfassungsorgans oder Ministeriums. Vor der Beratung im Ausschuss führen die Berichterstatter insbesondere mit den Fachministern und deren Verwaltungsspitzen sogenannte Berichterstattergespräche, deren Ergebnisse die wesentliche Grundlage für die Beratungen im Ausschuss darstellen. Der Ausschuss legt seinerseits dann zu jedem Einzelplan dem Plenum des Deutschen Bundestages eine separate Beschlussempfehlung vor.

Zudem hat der Haushaltsausschuss bei Finanzvorlagen, in der Regel Gesetzentwürfen, deren Vereinbarkeit mit dem laufenden und den künftigen Haushalten zu prüfen (§ 96 der Geschäftsordnung des Bundestages).

Neben Finanzierungsfragen der internationalen Organisationen befasst sich der Haushaltsausschuss des Weiteren mit der Veräußerung oder dem Erwerb von Grundstücken durch den Bund sowie großen Beschaffungsvorhaben der Bundeswehr.

Daneben kann der Haushaltsausschuss Einfluss auf die konkrete Verwendung von Haushaltsmitteln nehmen, indem er bei der Aufstellung des jährlichen Bundeshaushalts qualifizierte Sperren ausbringt, die bewirken, dass diese Mittel im laufenden Haushaltsjahr erst nach Zustimmung des Haushaltsausschusses ausgegeben werden dürfen. Der Ausschuss knüpft daran regelmäßig die Vorlage ausführlicher Berichte der Bundesregierung zu Mittelverwendung.

Vierteljährlich nimmt der Haushaltsausschuss die Berichte der Bundesregierung zu über- und außerplanmäßigen Ausgaben sowie jährlich den Finanzplan zur Beratung entgegen.

Zu besonders wichtigen Themenbereichen holt der Ausschuss in öffentlichen Anhörungen Stellungnahmen von Experten ein, zu denen unter anderem Wissenschaftler und Vertreter wirtschaftlich und gesellschaftlich betroffener Gruppen gehören.

Zur Entflechtung seiner eigenen Arbeit hat der Haushaltsausschuss zwei Unterausschüsse eingesetzt:

Der Rechnungsprüfungsausschuss hat dabei bereits die organisatorischen Strukturen eines ständigen Ausschusses erreicht. Ihm gehören 15 Mitglieder an, die zugleich auch Mitglieder des Haushaltsausschusses sind. Ist der Haushaltsausschuss vor allem für die Bewilligung der Mittel zuständig, so vollzieht der Rechnungsprüfungsausschuss den Vollzug der Ausgaben nach, prüft die Haushalts- und Wirtschaftsführung des Bundes und bereitet die Entlastung der Bundesregierung durch das Plenum des Deutschen Bundestages auf der Grundlage der Bemerkungen des Bundesrechnungshofes vor.

Ein weiterer Unterausschuss mit zwölf Mitgliedern wurde zu Fragen der Europäischen Union eingesetzt. Dieser führt die Vorberatung der dem Ausschuss überwiesenen Europa-Vorlagen der Gemeinschaftsorgane (Rat, Europaparlament und Kommission) durch. Durch die wachsende Anzahl dieser Vorlagen nimmt auch das Arbeitsvolumen dieses Unterausschusses ständig zu. Zur Arbeit des Unterausschusses gehören auch Treffen mit Mitgliedern des Europäischen Rechnungshofes, Abgeordneten des Europäischen Parlaments und den EU-Kommissaren.

Schließlich sind dem Haushaltsausschusss noch das Vertrauensgremium nach § 10a der Bundeshaushaltsordnung (BHO), das die Wirtschaftspläne der Nachrichtendienste berät, das Gremium zu Fragen der Kreditfinanzierung des Bundes nach § 3 des Bundesschuldenwesengesetzes in Verbindung mit § 69a BHO, das sich mit allen Fragen des Schuldenmanagements des Bundes und der Bundesbeteiligungen an privatrechtlichen Unternehmen beschäftigt, sowie das Gremium nach § 10a des Finanzmarktstabilisierungsfondsgesetzes und § 16 des Restrukturierungsfondsgesetzes, das sich mit dem Finanzmarktstabilisierungsfonds und dem Restrukturierungsfonds befasst, zugeordnet.

Nach parlamentarischem Brauch kommt der Vorsitz im Haushaltsausschuss immer einem Mitglied der Opposition zu. Hierin spiegelt sich sehr stark die hervorgehobene Kontrollaufgabe des Ausschusses gegenüber der Bundesregierung wider. In der 17. Wahlperiode bekleidet dieses Amt die SPD-Abgeordnete Petra Merkel.