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Parmi les commissions jouissant d'un statut spécial, il convient surtout de mentionner la commission du budget. Elle est considérée comme la commission aux pouvoirs les plus étendus car elle décide de facto de l'attribution de crédits budgétaires. Chaque année, la commission du budget examine le projet de budget fédéral pour l'année à venir et tout budget supplémentaire ou modification budgétaire présenté par le gouvernement. Les décisions de la commission du budget requièrent l'approbation du Bundestag, qui est pratiquement toujours accordée.

La loi budgétaire réserve à la commission du budget certaines décisions concernant la mise en œuvre du budget fédéral. C'est elle qui décide, sur demande du ministre fédéral des Finances, si certains crédits accordés dans le cadre des prévisions budgétaires peuvent être dépensés (gel qualifié).

La commission du budget est chargée non seulement du budget fédéral annuel, elle jouit également du droit d'examiner toutes les lois liées à des dépenses (ou "projets financiers") et d'émettre son avis à leur sujet. Si le texte proposé a des répercussions sur le budget en cours, s'il suscite un surcroît de dépenses ou une diminution des recettes, la commission du budget vérifie sa compatibilité avec le budget en cours. Lorsqu'elle conclut à l'incompatibilité, confirmée par le Bundestag, les délibérations ne sont pas poursuivies. Cette procédure vise à empêcher, si possible, le recours par le gouvernement fédéral à l'art. 113 de la Loi fondamentale qui l'autorise à s'opposer à l'entrée en vigueur d'une loi prévoyant une majoration des dépenses budgétaires ou une diminution des recettes ou à exiger une nouvelle délibération du Bundestag sur une loi qu'il juge financièrement inacceptable. En fait, il n'a jamais fait usage de ce droit. Dans la pratique, les possibilités de couverture des pertes de recettes ou du surcroît de dépenses sont déterminées, au cours des délibérations sur la loi correspondante au sein de la commission du budget, par les députés et les représentants du ministère des Finances.