Zur Diskussion im Verkehrsausschuss stand ein vom Bundestag initiiertes und von der Regierung in Auftrag gegebenes Gutachten zu "Privatisierungsvarianten der Deutschen Bahn AG (DB AG) mit und ohne Netz". Für die Experten ging es um die grundsätzliche Frage, ob ein Börsengang aus wettbewerbs- und haushaltsrechtlicher Sicht überhaupt ratsam ist und inwieweit er verfassungs- und EU-konform wäre. In allen vier Punkten fiel das Modell eines integrierten Börsengangs bei den Sachverständigen durch. Auch sei das Unternehmen auf absehbare Zeit nicht reif für die Börse. Ein solcher Schritt erfordere eine dramatsiche Veränderung der Bilanzen der einzelnen Sparten, was nicht realistisch sei.
So erklärte der Rechtswissenschaftler Professor Georg Hermes, das integrierte Modell sei mit der Verfassung nicht vereinbar. Es sei grundgesetzlich festgelegt, dass der Bund seine Mehrheit am Netz mit 51 Prozent behalten solle, damit er seiner Gemeinwohlverpflichtung nachkommen könne: "Der Bund muss einen maßgeblichen Einfluss auf das Netz behalten, damit er dieses rückholen kann, wenn sich das System als nicht funktionsfähig erweist. Mit dem integrierten Modell ist dies nicht vereinbar."
Der Vorsitzende der Monopolkommission, Professor Jürgen Basedow, bezweifelte, ob das Verbundmodell einer EU-rechtlichen Prüfung standhalten werde. Bisher habe die EU-Kommission nur die Trennung von Schiene und Betrieb als mit dem Gemeinschaftsrecht vereinbar gebilligt. Es bestehe aber keine hinreichende Sicherheit, dass die EU das integrierte Modell akzeptiere, sekundierte Norbert Hauser, Vizepräsident des Bundesrechnungshofes. Hauser warnte vor den Risiken, die mit dem so genannten integrierten Modell verbunden sind: "Die Entscheidung liegt beim Parlament, entweder sie geben beides ab und verlieren ihren Einfluss oder sie tun es nicht, dann können sie nur noch trennen."
Für Berlins Finanzsenator Thilo Sarrazin (SPD) stand außer Frage, dass der Steuerzahler mit dem getrennten Modell besser fahren wird. Dieses werde dem Staat rund 22 Milliarden Euro in die Kasse spülen, beim integrierten Modell wären es nur 2 Milliarden Euro. Aber nicht nur aus finanzpolitischer, sondern auch aus wettbewerbsrechtlicher Sicht stellte sich Sarrazin gegen das integrierte Modell. Es biete Möglichkeiten zur Verzerrung des Wettbewerbs durch die DB AG. Diese Auffassung teilte auch der Vorsitzende der Monopolkommission: "Der Verbund von Netz und Betrieb schafft Anreize zur Diskriminierung; wo die bestehen, wird erfahrungsgemäß auch diskriminiert."Sarrazin pries die Vorzüge des getrennten Modells als am besten dem Ziel dienend, möglichst viel Verkehr auf die Schiene zu bringen. Er bezog sich dabei auf Prognosen der Gutachter, denen zufolge beim integrierten Modell die Gesamtleistung des Schienengüterverkehrs von heute 15,8 Prozent auf 14,8 Prozent im Jahr 2020 sinken soll. Dem gegenüber hätten sie beim Trennungsmodell einen steigenden Marktanteil von 17,1 Prozent vorausgesagt. Aus Sicht des Finanzsenators sollten die positiven Auswirkungen wachsenden Wettbewerbs mit dem getrennten Modell eher höher eingeschätzt werden als im Gutachten unterstellt. Werde der Konzern dennoch mit dem Gleisnetz an die Börse gebracht, müsse sich der Bund der damit verbundenen Risiken bewusst sein: dass das Netz "durch das kurzfristige private Gewinninteresse runtergewirtschaftet" werde und der Bund dann finanziell nachlegen müsse.
Vor unwägbaren Kosten für den Steuerzahler sowie vor einem Verlust der Gestaltungsmöglichkeiten der Politik auf die Entwicklung des Netzes warnte auch Christoph Schaaffkamp, KCW GmbH. Wie sich das Schienennetz nach einem Börsengang mit Netz entwickle, sei auch mit von Bahn-Chef Hartmut Mehdorn geforderten Leistungs- und Finanzierungsvereinbarungen über etwa 2,5 Milliarden Euro nicht beherrschbar. Vielmehr verfügt die Bahn laut Schaaffkamp über ein "erhebliches Erpressungspotenzial", wenn sie die Pflichten die der Bund im Zuge der Daseinsvorsorge bei der Instandhaltung und Erweiterung des Netzes zu erfüllen habe, nicht mit den vom Bund zugesicherten Mitteln realisieren könne. Kritik an der mit Steuergeldern finanzierten Strategie Mehdorns, Transportunternehmen weltweit einzukaufen, kam auch von Professor Martin Hellwig, Direktor am Max-Planck-Institut zur Erforschung von Gemeinschaftsgütern: "Nationale Champions sind sehr schön, wenn sie es aus eigener Kraft heraus schaffen, ich habe ein gewisses Problem damit, wenn diese ein hohes Spielgeld vom Staat bekommen, um im Ausland teuer zuzukaufen."
Angesichts der finanziellen Risiken für den Steuerzahler empfahlen die Experten, die mit dem Netz und der Trassenvergabe an Wettbewerber sowie mit der Festlegung von Entgelten verbundenen Entscheidungen beim Bund zu belassen und einzelne Transportunternehmen der DB AG zu privatisieren. Diese Position schienen die Koalitionsfraktionen im Anschluss an die Anhörung zu teilen. Medienberichten zufolge äußerten Abgeordnete von Union und SPD die Überzeugung, dass langfristig nur das Trennungsmodell Bestand haben werde.