Allerdings fehlten zur Finanzierung des auf 1,85 Milliarden Euro veranschlagten Projekts noch 815 Millionen Euro. Bisher seien 550 Millionen Euro im Bundeshaushalt eingestellt, Bayern habe 300 Millionen Euro im Landeshaushalt veranschlagt und die Bahn wolle 185 Millionen Euro beisteuern, sagte Tiefensee. Um Bewegung in die Planungen zu bringen, habe der Bund in Aussicht gestellt, die Finanzierungsbeteiligung zu erhöhen. Festgelegt ist, dass der Bund nicht mehr als die Hälfte der Kosten des Projekts übernehmen darf. "Der Bund hat definitiv keine Zusage gegeben, 50 Prozent der Kosten zu tragen", betonte der Minister.

Abgeordnete aller Fraktionen bezeichneten die bisherige Finanzierungslücke als eines der Hauptprobleme des Projekts. "Wir halten das Projekt aus technologischer Sicht für wertvoll", betonte die CDU/CSU, die Finanzierungsfrage sei jedoch die entscheidende Frage des Projekts. Auch die SPD forderte "Klarheit in der Finanzierungsfrage". Die Grünen bemängelten, der Kostenkalkulation von 1,85 Milliarden Euro lägen Preise aus dem Jahr 2004 zu Grunde. Außerdem bezweifle man den allseits propagierten Referenzcharakter der Münchner Transrapidstrecke. In China existiere eine solche Strecke. Was mit dem Geld passiert sei, das einst für ein zweites Transrapidprojekt in Nordrhein-Westfalen bereitgestellt worden sei, mittlerweile aber nicht mehr gebraucht werde, da das Projekt aufgegeben worden sei, interessierte die FDP. Die Linksfraktion betonte, bevor weitere Planungen zur Münchner Transrapidstrecke eingeleitet werden könnten, müsste ein Bericht zum Transrapidunglück auf der Teststrecke in Lathen (Emsland) vorliegen.

Momentan werde geprüft, auf welcher Basis sich der Bund an dem Transrapidprojekt finanziell beteiligen könne, erläuterte Tiefensee. Nach derzeitiger Rechtslage bestehe lediglich die Möglichkeit einer Finanzbeteiligung in Form einer Bundesfinanzhilfe. Bayern lehne dies allerdings ab, weil der Freistaat damit zum alleinigen Risikoträger des Projekts würde. Die Bayern wollen, dass der Bund auch mögliche Risiken des Projekts mit trägt.