Das gleiche Abstimmungsergebnis erzielte auch der Gesetzentwurf zur Umsetzung des Vertrages ( 16/1109), mit dem die Verantwortlichkeiten der nationalen Kontaktstellen, die Kennung zugriffsberechtigter Bearbeiter in deutschen Behörden sowie das Verfahren zum automatisierten Abruf oder Abgleich von DNA-Daten oder zur Kennzeichnung von personenbezogenen Daten definiert wird. Der Bundesrat hatte im April seine Zustimmung zum Vertragswerk gegeben. Nach Vertragsratifizierung, mit der in der zweiten Jahreshälfte gerechnet wird, gewähren sich die beteiligten Staaten untereinander den Zugriff auf nationale Datenbanken. Damit können Fahrzeugregisterdaten auf dem Weg eines Online-Lesezugriffs abgerufen werden. Nach dem so genannten Treffer/ kein Treffer-Sytem soll auch der Zugriff auf DNA-Analysedateien sowie auf Fingerabdruckdateien eröffnet werden. Im Fall eines Treffers entscheiden dann die nationalen Einrichtungen oder Gremien über das weitere Verfahren zur Überstellung von Daten oder Personen an den anfragenden Staat.

Die Oppositionsfraktionen hatten unter anderem kritisiert, mit dem Vertrag werde eine neue Qualität im Rechtswesen erreicht, wenn bei der Verbrechensbekämpfung ein Datenaustausch grundsätzlich möglich werde. Zudem sei aufgrund unterschiedlicher Rechtslagen in den Vertragsstaaten ein Trennungsgebot von Polizei und Geheimdiensten über den Zugang zu Daten von Personen aus anderen Staaten nicht mehr gewährleistet. Außerdem bestehe im deutschen Text nicht - wie bei den Österreichern - der Vorbehalt, "DNA-Daten nur dann weiterzugeben, wenn der begründete Verdacht auch einen EU-Haftbefehl rechtfertigen würde". Die Linksfraktion ergänzte die Kritik der FDP dahingehend, dass nicht in allen Vertragsstaaten die nationalen Datenschützer einbezogen wurden. Die Bündnisgrünen sprachen auch die Gefahr einer Fragmentierung in der EU an und monierten, der Vertag greife massiv in das Rechtswesen der EU und der nationalen Staaten ein. Fragwürdig sei zudem der Austausch ganzer Listen von möglichen Gewalttätern und die Tatsache, dass es kaum Auskunftsrechte und wenig Chancen für Personen gebe, sich gegen eine fehlerhafte Zuordnung zur Wehr zu setzen.

Der Beauftragte für den Bundesdatenschutz, Peter Schaar (Bündnisgrüne), betonte den Pilotcharakter des Vertrages, der ein beachtliches Maß an Datenschutz erreicht werde. Er räumte aber ein, dass etwa in Frankreich die Trennung des Datenzugangs zwischen Polizei oder Geheimdienste nicht gewährleistet sei.

Die Regierung betonte, sie sei stolz auf das Erreichen des Vertrages, auch im Hinblick auf einem möglichst einheitlichen Datenschutz in der EU. Dies sei vor allem deshalb zu würdigen, weil ein entsprechender EU-Kommissionsentwurf zahlreichen Mitgliedstaaten nicht weit genug, anderen EU-Mitgliedern jedoch bereits zu weit gegangen sei. Mit der Ratifizierung des so genannten "Prümer Vertrages" sei die Einbettung in EU-Recht vorgesehen und möglich. Auch hätten bereits einige skandinavische Staaten ihr Interesse bekundet, dem Vertrag beizutreten.