Eine wesentliche Änderung am ursprünglichen Regierungsentwurf besteht darin, dass die Beimischungsquote für Benzin im Jahr 2007 von zwei Prozent auf 1,2 Prozent herabgesetzt wird. Die Differenz von 0,8 Prozent wird stattdessen auf die Quote des Jahres 2009 aufgeschlagen werden, die dann 2,8 Prozent beträgt. Im Durchschnitt bleibt es damit für die Jahre 2007 bis 2009 bei einer Quotenverpflichtung von zwei Prozent. Im Jahr 2010 wird die Quotenpflicht für Benzin von ursprünglich drei Prozent auf nun 3,6 Prozent angehoben. Die Gesamtquote für die Beimischung von Biokraftstoffen zu Benzin und Diesel steigt damit im Jahr 2009 von 5,7 Prozent auf 6,25 Prozent und im Jahr 2010 von sechs auf 6,75 Prozent. Um auch für die Zeit danach ausreichende Planungssicherheit für den weiteren Ausbau von Biokraftstoffkapazitäten zu schaffen, schreibt das Gesetz für die Jahre 2011 bis 2015 eine linear auf acht Prozent ansteigende Gesamtquotenpflicht vor.
Zu einem späteren Zeitpunkt soll dann geprüft werden, ob und wie sichergestellt werden kann, dass die Gesamtquoten für diesen Zeitraum auch durch den Handel mit besonders förderungswürdigen Biokraftstoffen der zweiten Generation erfüllt werden. Diese sollen bis 2015 steuerbegünstigt bleiben. Auch nach dem Jahr 2010 sollen die getrennten Quoten für Otto- und Dieselkraftstoff weitergelten. Die Steuermehreinnahmen aufgrund des Wegfalls von Steuerbegünstigungen bei den auf die Quote angerechneten Biokraftstoffen werden auf rund 90 Millionen Euro im Jahr 2009 und 80 Millionen Euro im Jahr 2010 beziffert.
Die Steuervergünstigungen für reine Biokraftstoffe, die nicht unter die Quote fallen, bleiben bestehen. Werden sie in der Landwirtschaft eingesetzt, bleiben sie steuerfrei. Für das produzierende Gewerbe sowie für die Land- und Forstwirtschaft wird der Steuersatz für Heizstoffe auf 60 Prozent des vollen Energiesteuersatzes gesenkt. Der Ausschuss hatte ferner eine Steuerpräferenz für schwefelarmes Heizöl ab 2009 in das Gesetz aufgenommen und die Steuersätze für reine Biokraftstoffe so geändert, dass es nicht zu einer höheren Belastung kommt. Bei Verstößen gegen die Quotenpflicht drohen Strafen von 60 Cent pro Liter bei Diesel und 90 Cent pro Liter bei Benzin.
Die Koalitionsfraktionen nannten das Gesetz ein wichtiges Signal. Die Energiesteuersätze würden auf den Stand von 1998 zurückgefahren. Die Linke warf der Koalition vor, sie mache sich zu Bütteln der Mineralölkonzerne. Billigimporte von Biokraftstoffen aus Entwicklungsländern würden notwendig, und nur Großanlagen würden sich noch rechnen. Die FDP kritisierte, das Gesetz sei fiskalisch motiviert und werde zu Preiserhöhungen auf den Energiemärkten führen. Die Marktchancen mittelständischer Erzeuger würden durch den Beimischungszwang schlechter. "Kein gutes Gesetz" lautete auch das Urteil der Grünen. Wenn es gelänge, für die Biokraftstoffproduktion Qualitätsstandards über die Welthandelsorganisation durchzusetzen, so die Fraktion, könnte dies zu weltweiter Nachhaltigkeit beitragen. Entschließungsanträge der FDP ( 16/3173) und der Grünen ( 16/3172) mit entsprechenden Forderungen lehnte der Bundestag ab.
Der Bundesrat hatte sich in seiner Stellungnahme ( 16/3035) besorgt gezeigt, dass zur Erzeugung von Biokraftstoffen in Asien und Südamerika der tropische Regenwald abgeholzt oder durch Brandrodung zerstört wird. Zu befürchten sei, so die Länderkammer, dass auf diesen Flächen nachwachsende Rohstoffe vor allem durch das Anlegen von Palmölplantagen gewonnen werden könnten. Es sollten möglichst keine Öle auf den EU-Binnenmarkt gelangen, die mit Hilfe der Zerstörung tropischer Regenwälder hergestellt wurden. Die Regierung plant, wie es in ihrer Gegenäußerung dazu heißt, die Steuervorteile für Biokraftstoffe im Rahmen einer Verordnung an den Nachweis zu koppeln, dass diese durch nachhaltige Bewirtschaftung erzeugt werden.