Bereits im vergangenen Sommer hatte Monika Hohlmeier als Münchner CSU-Vorsitzende zurücktreten müssen, nachdem sie die Affäre entgegen den Erwartungen nur zögerlich aufgearbeitet hatte und ihr vorgeworfen worden war, sie habe Vorstandskollegen mit Dossiers über deren Privatleben erpressen wollen. Noch im Dezember hatte der Landtag auf Initiative von SPD und Grünen einen Untersuchungsausschuss eingesetzt, der neben weiteren Ungereimtheiten die Rolle der Ministerin bei kriminellen Manipulationen um Vorstandswahlen in einem Münchner CSU-Kreisverband klären sollte. Entgegen ihren eigenen Aussagen soll sie seinerzeit über Stimmenkäufe und gefälschte Mitgliederanträge Bescheid gewusst haben.

Vor dem Untersuchungsausschuss sagte zuletzt als Zeuge der wegen Wahlfälschung in dieser Sache bereits verurteilte frühere Junge-Union-Mann Maximilian Junker aus, Hohlmeier habe nicht nur alles gewusst, sondern sei "Dirigentin" der Wahlfälschungen gewesen. Dies habe sich aus einem von ihm mitgehörten Telefongespräch zwischen der Ministerin und dem Landtagsabgeordneten Joachim Haedke in dessen Wohnung im November 2002 zweifelsfrei ergeben. Zuvor hatten drei Staatsanwälte und eine Richterin diesem Hauptbelastungszeugen Glaubwürdigkeit in diesem Fall bescheinigt. Auch der Oberstaatsanwalt sprach von Erkenntnissen über Hohlmeiers einschlägiges Wissen von den Manipulationen.

Besonders schwer wog weiter, was der Fraktionsvorsitzende der CSU im Münchner Rathaus, Hans Podiuk, gegen Hohlmeier vorbrachte: Er habe gegen die Wahlfälscher ein Parteiordnungsverfahren einleiten wollen, doch Hohlmeier habe zu ihm gesagt: "Das tust du ausdrücklich nicht." Inzwischen sei klar, dass sie die "Organisatorin der Machenschaften" gewesen sei. Hohlmeier freilich wies alle Anschuldigungen zurück und sprach von einem "persönlichen Vernichtungsfeldzug" gegen sie. Bis zuletzt bezeichnete sie "die gegen mich erhobenen Vorwürfe" als falsch und kündigte an, sich dagegen zur Wehr zu setzen. Ihren Rück-tritt begründete sie unter anderem damit, dass "die ausführliche Berichterstattung über den Untersuchungsausschuss und die permanente Wiederholung falscher Vorwürfe" ihre Arbeit als Ministerin behinderten. Sie wolle dem Amt nicht schaden.

SPD-Fraktionschef Franz Maget bezeichnete den Rücktritt als "längst notwendig und überfällig". Der Schritt von Frau Hohlmeier komme ein Jahr zu spät, "nachdem sie die gesamte Zeit die Öffentlichkeit ebenso wie die Parteifreunde belogen und betrogen hat". Die Fraktionsvorsitzende der Grünen, Margarete Bause, sah Hohlmeier angesichts der Beweislast "als Wahlfälscherin und Lügnerin entlarvt". Eine Ministerin, die die Grundprinzipien der Demokratie "mit Füßen tritt und mit hartnäckigem Leugnen jedes Maß an politischem und menschlichem Anstand unterbietet, hat in einem Regierungsamt nichts zu suchen".

Ministerpräsident Stoiber bescheinigte seiner bisherigen Kultusministerin, dass sie das Bildungs- und Schulsystem in Bayern mit weitreichenden Reformen von der Hauptschule über die sechsstufige Realschule bis zur Einführung des achtjährigen Gymnasiums geprägt habe. Oppositionspolitiker wie die Bildungssprecherin der SPD-Fraktion, Marianne Schieder, urteilten angesichts von Lehrermangel, Abbau individueller Schülerförderung und Einführung eines Büchergelds an den Schulen weniger schmeichelhaft: "Ihre bildungspolitische Bilanz ist katastrophal."