Die Versteigerung von Emissionsberechtigungen wird neu geregelt. Die Koalition stimmte am 2. Juli im Bundestag einer Verordnung der Bundesregierung zu, nach welchen Bestimmungen die jährlich 40 Millionen Berechtigungsscheine für emissionshandelspflichtige Anlagen, die nicht kostenlos zugeteilt werden, in Zukunft versteigert werden müssen. FDP und Die Linke sprachen sich gegen die Verordnung aus, die Fraktion Bündnis 90/Die Grünen enthielt sich der Stimme.

Die Auktion der Zertifikate soll einmal pro Woche in gleichen Mengen an einer der bestehenden Emissionshandelsbörsen erfolgen. Ihr Handelswert richtet sich nach Angebot und Nachfrage. In Zukunft sollen auch andere Staaten ihre Zertifikate auf dem deutschen Markt versteigern können. Die CDU/CSU betonte, dass mit der Auktionierung ein Instrument erprobt würde, das ab 2013, der dritten Emissionshandelsperiode, ausschließlich zum Einsatz komme. Durch die regelmäßige Veröffentlichung der Ergebnisse werde Transparenz hergestellt. Die Sozialdemokraten hoben hervor, dass die Versteigerung der Emissionsrechte vom Parlament erstritten worden sei. Es sei wichtig, dass Deutschland Erfahrungen für die volle Akuktionierung ab 2013 sammele.

Als mittelstandsfeindlich bewertete die FDP die Verordnung. Gerade für kleine Anlagenbetreiber fielen dabei Gebühren an. Die Linke kritisierte, dass nur 8,8 Prozent der Berechtigungen versteigert würden. Die restlichen Zertifikate würden weiter an die Konzerne verschenkt. Auch die Grünen sprachen sich dagegen aus, dass nur ein kleiner Teil der Zertifikate versteigert wird. Dennoch sei man mit der Regelung auf dem richtigen Weg, auch wenn die Ausnahmen noch zu weit gingen.