Mehr als 50 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Bundestagsverwaltung unterstützen den Wehrbeauftragten des Deutschen Bundestages als Hilfsorgan der parlamentarischen Kontrolle über die Streitkräfte und Petitionsinstanz für die Soldatinnen und Soldaten der Bundeswehr. Etwa die Hälfte von ihnen bearbeitet die Vorgänge unmittelbar inhaltlich.
Neben dem persönlichen Büro des Wehrbeauftragten sind sechs Referate eingerichtet worden, die von dem Leitenden Beamten geführt werden. Der Leitende Beamte ist nach dem Gesetz über den Wehrbeauftragten zugleich der Vertreter des Amtsinhabers.
Das Referat WB 1 organisiert die internen Angelegenheiten der Dienststelle und ist für Grundsatzfragen insbesondere für Fragen der Inneren Führung in der Bundeswehr zuständig. Der Entwurf des jährlich zu erstellenden Berichts des Wehrbeauftragten an den Deutschen Bundestag wird maßgeblich in diesem Referat erarbeitet.
Die Referate WB 2 bis WB 5 bearbeiten hauptsächlich die etwa 5.000 bis 6.000 Eingaben pro Jahr. WB 2 widmet sich hierbei den Fragen der Menschenführung in der Bundeswehr und den Problemen der Soldaten im Auslandseinsatz. WB 3 nimmt sich der Angelegenheiten der Wehrpflichtigen und Reservisten sowie der spezifischen Belange von Frauen in der Truppe an. WB 4 beschäftigt sich mit den Personalangelegenheiten der Zeit- und Berufssoldaten und WB 5 mit Fragen der Fürsorge des Dienstherrn Bundeswehr, der sanitätsdienstlichen Versorgung und sozialen Lage der Soldaten.
WB 6 ist hauptsächlich zuständig für die Vorbereitung, Durchführung und Aufbereitung der Truppen- und Informationsbesuche des Wehrbeauftragten sowie für die Presse- und Öffentlichkeitsarbeit. Auch die Gestaltung des Informationsangebots im Rahmen der Internetseiten des Deutschen Bundestages gehört dazu.