Die Opposition verpasste dem Gesundheitsfonds am 27. November eine verbale Ohrfeige nach der anderen. Als "Debakel" und "Reinfall" bezeichnete die FDP-Abgeordnete Claudia Winterstein das wichtigste Projekt der Großen Koalition in der abschließende Etatdebatte des Gesundheitshaushalts, als "Gift" für die Gesundheitsversorgung in Deutschland Birgitt Bender von Bündnis 90/Die Grünen. Da half auch das Kontra von Bundesgesundheitsministerin Ulla Schmidt (SPD) wenig. Sie verteidigte den Fonds und die einheitlichen Beitragssätze einmal mehr. Denn, so betonte die Ministerin, es sei "richtig, dafür zu sorgen, dass bei Krankenkassen, die viele ältere Menschen haben, die Beitragssätze nicht stark ansteigen und bei Krankenkassen, die viele junge Versicherte haben, die Beitragssätze nicht immer weiter abgesenkt werden". Der Einzelplan ihres Ministeriums, sagte Schmidt weiter, schaffe "gute Voraussetzungen für die gesundheitliche Versorgung unserer Bürgerinnen und Bürger".
Der Bund wird im kommenden Jahr insgesamt 4 Milliarden Euro aus Steuergeldern an den Gesundheitsfonds überweisen, wenn er am 1. Januar an den Start geht - das ist der Großteil des Gesundheitsetats des Jahres 2009. Er ist mit 4,45 Milliarden Euro deutlich höher ausgefallen als im Vorjahr (2008: 2,9 Milliarden Euro).
Die Linke vermisste im Etat Maßnahmen zur Gesundheitsförderung und Prävention. Diese hätten "keinen guten Stand bei dieser Bundesregierung", kritisierte Martina Bunge. Einen Änderungsantrag der Linksfraktion ( 16/11036), in dem sie einen Fonds für Prävention und Gesundheitsförderung mit einer Mittelausstattung von jährlich 1 Milliarde Euro forderte, lehnte der Bundestag ab. Norbert Barthle (CDU/CSU) lobte hingegen, dass der Etat 3 Millionen Euro mehr als noch 2008 für Prävention und für den ganzen Bereich 40 Millionen Euro vorsehe. Dies sei "eine gute Botschaft".
Insgesamt sind im Etat im kommenden Jahr für Zuweisungen und Zuschüsse 4,1 Milliarden Euro (2008: 2,6 Milliarden Euro) eingeplant. Davon gehen 31,38 Millionen Euro an Einrichtungen der wissenschaftlichen Forschung. Für die Bekämpfung der Immunschwächekrankheit Aids stellt der Bund 16,76 Millionen Euro zur Verfügung, 1 Million Euro mehr als 2008. Für das Robert-Koch-Institut (RKI), das für die Bekämpfung von Infektionskrankheiten zuständig ist, sind 96,42 Millionen Euro vorgesehen, über 40,5 Millionen Euro mehr als noch 2008. Die deutliche Erhöhung entsteht durch den Neubau eines Laborgebäudes in Berlin.
Den Ausgaben im Gesundheitsetat stehen Einnahmen von 66,16 Millionen Euro gegenüber (2007: 59,04 Millionen Euro). Die Personalausgaben des Einzelplans 15 liegen bei 184,59 Millionen Euro, die Ausgaben für sächliche Verwaltung bei 107, 84 Millionen Euro. Die Gesamtinvestitionen belaufen sich auf 58,82 Millionen Euro (2008: 25,95 Millionen Euro).