Le jeudi 28 septembre 2006, Norbert Lammert, président du Bundestag, et Angela Merkel, chancelière fédérale, ont signé un accord qui prévoit une coopération étendue entre le Bundestag et le gouvernement fédéral dans les affaires de l'Union européenne (UE). Cet accord, adopté à l'unanimité par les députés le vendredi 22 septembre 2006, impose au gouvernement fédéral des devoirs d'information élargis et échelonnés dans le temps, des délais plus réduits en matière de présentation des rapports sur les projets de l'UE par le ministère fédéral concerné, et la fourniture d'informations plus complètes sur les réunions des Conseils de ministres compétents et d'autres organes.
Le gouvernement fédéral est tenu de prendre en compte les avis du Bundestag dans le cadre des négociations menées au niveau de l'UE, voire même de soumettre une décision à un droit d'approbation préalable du Bundestag allemand. Ses décisions ne peuvent s'écarter de l'avis du Bundestag que pour "des raisons impérieuses de politique étrangère ou de politique d'intégration".
Extension et renforcement des droits du parlement
Au printemps 2005, le parlement avait demandé, dans le cadre de la ratification du "traité établissant une Constitution pour l'Europe", l'extension et le renforcement de ses droits par rapport au gouvernement fédéral. Peu après le début de la 16e législature, le président, les vice-présidents et les porte-parole de la commission des affaires de l'Union européenne ont rencontré les représentants désignés par le gouvernement fédéral, le ministre délégué auprès du ministre des Affaires étrangères, Günter Gloser, et le secrétaire d'État parlementaire auprès du ministère de l'Économie et de la Technologie, Peter Hintze. Avant même la pause estivale, ils ont présenté le projet d'accord approuvé par le cabinet fédéral le 19 juillet 2006. Le Bundestag a quant à lui pris sa décision le 22 septembre 2006. L'accord est entré en vigueur après sa signature par le président du Bundestag, M. Lammert, et la chancelière fédérale, Mme Merkel, et sa publication au Journal officiel fédéral.