Die Grünen vermissen bei der Gesundheitsreform ein umfassendes Finanzierungskonzept. Sie selbst treten seit Jahren für eine Bürgerversicherung ein. Fraktionschefin Renate Künast moniert, dass die Koalition auf neue Erwerbsbiografien keine Antwort finde und Mieteinkünfte oder Erträge aus Aktienfonds bei der Finanzierung weiter außen vor blieben. Der Gesundheitsfonds trägt nach Ansicht der Grünen nicht zu einer besseren oder gerechteren Finanzierung der Krankenversicherung bei. Sie führe im Gegenteil zu "völlig überflüssigen Kosten". Der Einheitsbeitrag nehme den Kassen ihr wichtigstes Wettbewerbsinstrument. Da der Fonds ab 2010 gezielt unterfinanziert sei, würden sie gezwungen sein, einen Zusatzbeitrag zu erheben, der schnell ansteigen werde. Absurd sei die Kombination von Zusatzbeitrag, Ein-Prozent-Obergrenze und Acht-Euro-Regel. Da die Ein-Prozent-Klausel erst ab einem Zusatzbeitrag von acht Euro greife, würden Geringverdiener vergleichsweise höher belastet als Durchschnittsverdiener, beklagen die Grünen. Zudem könne für sozial Schwache der absurde Anreiz entstehen, von einer Kasse mit niedriger Prämie zu einer Kasse mit höherem Zusatzbeitrag zu wechseln, um unter die Belastungsobergrenze zu fallen.

Ein weiterer Kritikpunkt der Grünen: Auch die eingeplanten Steuermittel seien zu gering. Bei den 1,5 Milliarden Euro für 2008 und den 3 Milliarden Euro für 2009 handele es sich gerade mal um ein Fünftel der notwendigen 14 Milliarden Euro für die Krankenversicherung der Kinder.

Die Begrenzung des Kassen-Finanzausgleichs auf 50 bis 80 schwerwiegende Krankheiten halten die Grünen für willkürlich. Weiterhin werde es viele Leiden geben, bei denen es sich für die Kassen betriebswirtschaftlich nicht lohne, besondere Versorgungsangebote anzubieten. Die Partei bemängelt zudem, dass die private Krankenversicherung (PKV) nicht in den Fonds einbezogen werde. "Auch in Zukunft wird das Solidarsystem ohne die Stärksten auskommen müssen", heißt es in einem Positionspapier. "An der ungerechten und unsinnigen Zweiteilung in GKV und PKV wird festgehalten."

Darüber hinaus habe die Koalition kein übergreifendes Konzept für mehr Wettbewerb auf dem Arzneimittelmarkt. Die Kürzung des Krankenhausbudgets um rund 500 Millionen Euro sei ein Schnellschuss der Regierung, "um die von ihr selbst verursachten Beitragsanhebungen wenigstens zu begrenzen".