Der Anbau von gentechnisch verändertem Mais hat zu einem massiven Streit zwischen der Unionsfraktion einerseits und allen anderen Fraktionen des Bundestages andererseits geführt. Die SPD warf der Union "Volksverdummung" vor, und die frühere Landwirtschaftsministerin Renate Künast (Bündnis 90/Die Grünen) spottete über ihren Nachfolger Horst Seehofer (CSU), dass er "lügend durch Bayern zieht". Bündnis 90/Die Grünen hatte einen Antrag ( 16/10202) vorgelegt, um den Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen drastisch einschränken zu lassen. Die Verbraucher würden mehrheitlich gentechnisch veränderte Nahrungsmittel ablehnen. Die Fraktion forderte nach dem Vorbild eines Antrages der CSU-Landtagsfraktion, dass auf EU-Ebene eine Regelung erfolge, nach der die Regionen wie Landkreise selbst über den Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen entscheiden dürfen.

Zum Schutz der gentechnikfreien Landwirtschaft, der Imker und der Umwelt müsse auf den Anbau des umstrittenen gentechnisch veränderten Maises MON810 verzichtet werden, so die Fraktion. Die Möglichkeit, den Mais MON810 zu verbieten, liege direkt in der Kompetenz der Bundesregierung.

Künast warf Seehofer vor, er habe MON810 Ende 2005 zum Anbau in Deutschland zugelassen, obwohl er das Gegenteil behaupte. "Wer einmal lügt, dem glaubt man nicht", so die frühere .Ministerin. Die SPD empörte sich besonders über eine Interview-Äußerung von Seehofer, der gesagt hatte, in Bayern sei er gegen Gentechnik, aber in Brandenburg, wo es große Flächen gebe, müsse die Lage anders beurteilt werden. SPD-Fraktionsvize Ulrich Kelber warf Seehofer Lügen und Verdrehungen vor. Der Minister hätte den Anbau von Mon810 stoppen können.

Peter Bleser (CDU) warf wiederum Künast vor, MON810 habe wegen des von der Ministerin hinterlassenen Gentechnikgesetzes zwingend zugelassen werden müssen. Nach EU-Recht seien gentechnikfreie Zonen nicht möglich. Hans-Michael Goldmann (FDP) stellte erstaunt fest: "Die große Koalition zerlegt sich." Zur Sache sagte Goldmann, seine Fraktion sehe die verantwortungsvolle Nutzung der Potenziale der grünen Gentechnik als sinnvoll an. Eva Bulling-Schröter (Linke) lehnte grüne Gentechnik grundsätzlich ab: "Wir brauchen sie auch nicht."

Der Antrag von Bündnis 90/Die Grünen wurde zur weiteren Beratung in die Ausschüsse überwiesen. Abgelehnt wurde hingegen mit der Mehrheit der Großen Koaliion und der FDP ein Antrag von Bündnis 90/Die Grünen zur Verbesserung der Rahmenbedingungen für den Milchmarkt ( 16/9601, 16/9869). Die Linke stimmte dem Antrag zu. Die Grünen hatten gefordert, faire Erzeugerpreise für Milch zu unterstützen.