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Die SPD-Fraktion begrüßte den vorgelegten Entwurf und erklärte ihre Unterstützung. Seitens der CDU/CSU-Fraktion hieß es, dass der Fonds für den Erhalt von genetischen Ressourcen für die Nachwelt von Bedeutung sei. Ebenfalls wurde von der Fraktion die Entscheidung goutiert, den Sitz nach Bonn zu verlegen. Die Fraktion Die Linke erklärte, dass sie den Entwurf unterstützt, erinnerte aber daran, dass die Vorlage auf die rot-grüne Regierungszeit zurückgehe. Außerdem warnte die Linksfraktion, dass die Politik den Treuhandfonds nicht als „Notnagel“ verstehen dürfe. „Wir bekommen ein Problem, wenn wir die Proben nur auf Spitzbergen wegschließen“, hieß es. Man müsse die Frage stellen, wie die genetische Pflanzenvielfalt in der „aktiven“ Landwirtschaft auch in Zukunft gesichert werde. Die Fraktion Bündnis 90/Die Grünen begrüßte, dass der Fonds „endlich in die Tat umgesetzt wird“ und hob hervor, dass die öffentlichen Genbanken für die Bewahrung der Nutzpflanzenvielfalt notwendig sind. Nun müsse sichergestellt werden, dass die Pflanzen in Zukunft weiterhin angebaut werden. Eine Forderung, die von der FDP nicht ganz geteilt wurde, denn niemand dürfe einem Landwirt vorschreiben, Sorten anzubauen, „die nicht auf der Höhe der Zeit sind“. Das ist nach Ansicht der Liberalen keine sinnvolle Forderung gegenüber der aktiven Landwirtschaft. Der Gesetzentwurf wurde von der FDP begrüßt und unterstützt.
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