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Nach Auskunft der Bundesregierung wird eine valide Differenzialdiagnostik dadurch erschwert, dass viele zu einem CFS gehörende Symptome auch bei anderen Krankheiten auftreten. Ein allgemein anerkanntes Erklärungsmodell des CFS habe bislang nicht formuliert werden können. „Angesichts der weitgehend ungeklärten Krankheitsursachen und der zahlreichen offenen Fragen in der (Differenzial-)Diagnostik und Therapie von Menschen mit CFS liegt ein vorrangiger Handlungsbedarf in der Weiterentwicklung der Forschung“, führt die Bundesregierung weiter aus. Die Akteure der medizinisch-wissenschaftlichen Fachwelt fänden dafür in Deutschland ausgezeichnete Bedingungen vor. So böten zum Beispiel die Erkenntnisse, die bei der Erforschung der Multiplen Sklerose gewonnen würden, auch Anknüpfungspunkte zu bislang ungeklärten neuroimmunologischen Krankheitshypothesen, unter anderem hinsichtlich CFS.
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