La commission de la défense se réunit tous les mercredis pendant les semaines de session fixées par le Bundestag pour l’année en question. La commission de la défense étant, tout comme la commission des affaires étrangères, une commission dite «fermée», l’accès à ses réunions est limité à un cercle de personnes bien défini. Celui-ci comprend les membres de la commission, leurs suppléants, le commissaire parlementaire aux forces armées, les présidents des groupes parlementaires et le président du Bundestag. Au-delà de ces personnes, seuls les représentants des ministères et des gouvernements des Länder expressément autorisés à cet effet ainsi que certains membres des groupes parlementaires et de l’administration ont le droit d’assister aux réunions. La diffusion des documents de séance, y compris des comptes rendus, est également limitée aux destinataires précisés par la commission.

Au niveau de son administration, la commission de la défense dispose d’un secrétariat de huit personnes, qui assistent la commission dans ses travaux. La tâche principale du secrétariat est la préparation, la tenue et le suivi des réunions de la commission, ce qui comprend entre autres la collecte des documents destinés aux discussions, l’envoi de l’ordre du jour, la rédaction des recommandations de décision et des rapports adressés à l’assemblée plénière, ainsi que la rédaction des procès-verbaux de réunion. De plus, le secrétariat est également responsable du traitement des documents adressés à la commission, de la préparation et de la réalisation des voyages de délégation et des réunions hors site, ainsi que de l’accueil des visiteurs allemands et étrangers.