La commission de la défense a acquis une position tout à fait particulière par le fait qu’elle est la seule commission à pouvoir se constituer d’elle-même en commission d’enquête (article 45a, paragraphe 2, de la Loi fondamentale). Pour toutes les autres commissions, une décision ad hoc du Bundestag est nécessaire pour constituer une telle commission. La commission d’enquête est l’arme la plus puissante que détient le Parlement pour contrôler le comportement du gouvernement. Ainsi une commission d’enquête peut-elle mener elle-même des devoirs d’enquête dans le cadre d’une procédure d’administration de la preuve, que ce soit en interrogeant des témoins ou en consultant des documents.

La procédure d’enquête s’organise globalement de la même manière que celle d’une commission d’enquête traditionnelle constituée sur la base de l’article 44, paragraphe 1, de la Loi fondamentale. Les principales règles de procédure sont contenues dans la loi régissant le droit des commissions d’enquête du Bundestag allemand (PUAG), adoptée en 2003. En vertu de son article 34, paragraphe 4, les dispositions de cette même loi s’appliquent également à la procédure de la commission de la défense constituée en commission d’enquête. Cet article contient d’ailleurs certaines exceptions, qui doivent tenir compte de la situation particulière d’une commission de la défense constituée en commission d’enquête. Par exemple, les personnes composant la commission de la défense et la commission d’enquête étant les mêmes, le ou la président(e) de la commission de la défense préside ainsi également la commission d’enquête. Un autre régime particulier est prévu par la Loi fondamentale elle-même, en son article 45a, paragraphe 3, selon lequel l’article 44, paragraphe 1, de la Loi fondamentale, établissant le principe de la publicité de l’administration de la preuve, ne s’applique pas au domaine de la défense.

Les deux dernières fois où la commission de la défense s’est constituée en commission d’enquête remontent à 1998 et 2006. La commission avait alors enquêté sur des épisodes liés à l’extrême droite dans la Bundeswehr (1998) et sur les accusations de Murat Kurnaz, qui affirmait avoir subi des mauvais traitements de la part de membres de la Bundeswehr en Afghanistan (2006). Le 16 décembre 2009, la commission de la défense s’est à nouveau constituée en commission d’enquête. Elle a pour mission d’enquêter sur l’attaque aérienne de deux camions-citernes détournés par les talibans, les 3 et 4 septembre 2009, sur la politique d'explication et d'information adoptée par le gouvernement fédéral à cette occasion ainsi que sur la compatibilité des méthodes choisies avec les règles nationales et multinationales, politiques, juridiques et militaires, de l’engagement en Afghanistan.