Die Kinderkommission gibt sich am Anfang jeder Wahlperiode ein Arbeitsprogramm. Die Schwerpunktthemen für die laufende Legislatur werden darin festgelegt. In der 16. Wahlperiode sieht das Arbeitsprogramm folgendermaßen aus (Die Zuordnung der Mitglieder zu den Themen bedeutet, dass sich das jeweilige Mitglied besonders um dieses Thema kümmern wird):

Michaela Noll:

• Kinder und Sport
• Kinder und Medien
• Kinder und Gewalt

Marlene Rupprecht:

• Kinder und Gesundheit
• Kinder und Behinderung
• Umsetzung der UN-Kinderrechtskonvention

Miriam Gruß:

• Kinder und Mobilität
• Kinder und Kultur
• Kinder und Alltag

Diana Golze:

• Kinderarmut
• Selbst- und Mitbestimmungsrechte von Kindern
• Kinder- und Jugendhilfe/Kinder- und Jugendsozialarbeit

Ekin Deligöz:

• Vernachlässigung von Kindern und soziale Ausgrenzung
• Elementarbildung - frühkindliche Förderung
• Kinder und Ernährung/Verbraucherschutz

Weitere Themen werden an die Kinderkommission durch die laufende politische Debatte, aktuelle Entwicklungen, durch Verbände oder Zuschriften von Kindern oder Eltern herangetragen.