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Selon l'art. 44 de la Loi fondamentale, le Bundestag a le droit d'instituer unecommission d'enquête. Sur demande d'un quart de ses membres, il a le devoir de le faire. Il s'agit là d'un droit minoritaire particulièrement important auquel a recours en particulier l'opposition pour tirer au clair des allégations de mauvaise gestion du gouvernement ou de l'administration ou des bavures imputées aux hommes politiques. La motion doit donner une description précise de l'objet de l'enquête. Lorsque le Bundestag décide d'instituer une commission d'enquête, il fixe également le nombre des membres de celle-ci. En général, le nombre de membres est relativement restreint: entre 5 et 7 députés. Les commissions d'enquête peuvent entendre des témoins et leur faire prêter serment, demander la production des dossiers et des documents et donner aux fonctionnaires l'autorisation de témoigner. Le gouvernement fédéral peut seulement refuser d'accorder cette autorisation ou de produire des documents s'il estime que cela risque de nuire aux intérêts de la Fédération ou d'un de ses Länder ou risque de menacer sérieusement ou de compliquer l'accomplissement des tâches des autorités publiques. Par principe, les commissions d'enquête sont publiques.

Le résultat de l'enquête de la commission est résumé dans un rapport qu'elle soumet à l'assemblée plénière. Lorsqu'il existe des divergences sur les résultats de l'enquête entre la majorité et l'opposition, le rapport contient un exposé des motifs de la majorité et de la minorité. Plus important encore que le rapport, qui paraît quelques temps après les délibérations, est l'impact sur l'opinion publique des séances publiques. Au cours de la 13e législature, deux commissions d'enquête avaient été instituées:

• Première commission d'enquête "Plutonium" chargée du trafic illégal de plutonium en août 1994 à Munich.
• Deuxième commission d'enquête "patrimoine en RDA" consacrée au sort des entreprises publiques de l'ex-RDA avant le tournant de 1989, en particulier à la question de savoir si les entreprises et le département de <Coordination commerciale> avaient collaboré avec la division <Service secret> du ministère de la Sécurité d'Etat et si des fonds y avaient été transférés.