Allerdings wird die Steuerbegünstigung für die reinen Biokraftstoffe Biodiesel und Pflanzenöl, die zunächst Ende 2009 auslaufen sollte, auf Ende 2011 verlängert. Für alle anderen Biokraftstoffe bleibt es beim Auslaufen der Steuerbegünstigung Ende 2009. Für reinen Biodiesel beträgt die Mineralölsteuer bis Ende 2007 neun Cent pro Liter. Sie steigt dann in Sechs-Cent-Schritten jährlich an auf die Endstufe von 45 Cent pro Liter im Jahr 2012. Reines Pflanzenöl bleibt bis Ende 2007 steuerfrei und wird ab 2008 mit 10 Cent pro Liter besteuert. Auch hier steigen die Steuersätze jährlich gestaffelt bis zur Vollbesteuerung mit 45 Cent pro Liter ab 2012. In der Landwirtschaft und in Kraft-Wärme-Kopplungsanlagen eingesetzte reine Biokraftstoffe bleiben steuerfrei.
Die Koalition setzte darüber hinaus in einem Änderungsantrag durch, dass auch Biokraftstoffe für die beim Güterumschlag in Seehäfen verwendeten Gabelstapler künftig steuerfrei werden, was die Opposition als "25-Millionen-Euro-Subvention" kritisierte. Die Steuerentlastung für Biodiesel, der fossilen Kraftstoffen beigemischt wird, fällt im kommenden Jahr weg. Noch in diesem Jahr will die Regierung einen Gesetzentwurf vorlegen, der eine Quote für die Beimischung von Biodiesel ab 2007 vorschreibt. Ebenfalls auf Antrag der Koalition beschloss der Bundestag, Erdgas und Flüssiggas als Kraftstoffe künftig gleichzubehandeln und die steuerliche Begünstigung bis zum Ende 2018 aufrecht zu erhalten. Begünstigt wird ferner der Einsatz von Biokraftstoffen im öffentlichen Personennahverkehr und in bestimmten Produktionsprozessen, etwa für Zement und Porenbetonerzeugnisse. Neu eingeführt wird die Besteuerung von Kohle. Für die Verwendung von Kohle als Heizmittel in Privathaushalten ("Hausbrand") wird eine Steuerbefreiung bis Ende 2010 eingeräumt. Für den Bund werden in diesem Jahr Steuermehreinnahmen von 15 Millionen Euro erwartet, die in den kommenden Jahren bis auf 564 Millionen Euro im Jahre 2010 ansteigen sollen.
Die Koalition nannte das zeitliche Hinausschieben der Vollbesteuerung als haushaltspolitisch gerade noch vertretbar. Die FDP sprach von einem "Bruch des Vertrauensschutzes" von Investoren und Verbrauchern. Für die Grünen trägt das Gesetz nicht zur Planungssicherheit der Investoren bei. Der Bundestag lehnte ihren Änderungsantrag (16/2068), Biodiesel nur mit 5 Cent pro Liter (in Beimischungen mit 10 Cent) zu besteuern und andere Biokraftstoffe bis Ende 2015 steuerfrei zu lassen, in namentlicher Abstimmung ab. 53 Ja-Stimmen standen 396 Nein-Stimmen und 106 Enthaltungen gegenüber. Die Fraktion scheiterte auch mit ihrem Antrag (16/583), Biokraftstoffe "intelligent" zu fördern und die Steuerbegünstigung zu erhalten. Keine Mehrheit fand schließlich ein Entschließungsantrag der Linksfraktion (16/2039), auf die geplante Besteuerung zu verzichten.