Ausschüsse, die zu einem bestimmten Zweck eingesetzt werden, werden allgemein als Kommissionen bezeichnet. Der 16. Deutsche Bundestag hat drei Kommissionen eingerichtet.

Die Kinderkommission vertritt die Interessen der Jüngsten auf parlamentarischer Ebene. Die Föderalismuskommission II, die im März 2007 eingesetzt wurde, hat die Aufgabe, Vorschläge zur Modernisierung der Bund-Länder-Finanzbeziehungen zu erarbeiten.

Im Dezember 2005 richtete der Bundestag die Enquete-Kommission „Kultur in Deutschland“ ein, die im September 2008 mit der Vorlage ihres Schlussberichts ihre Arbeit beendet hat.