Die Linke hatte der Stiftung in ihrer Anfrage vorgeworfen, den Staatsstreich zu verharmlosen. Das sah die Regierung anders: Kritik und Zweifel an der Verfassungsmäßigkeit einer Reihe politischer Initiativen von Staatspräsident Manuel Zelaya sei durch honduranische Verfassungsorgane artikuliert worden. Die FNF habe diese Kritik aufgegriffen. Eine Rechtfertigung zur Entmachtung des Präsidenten stelle diese jedoch nicht dar. Die FNF sei, wie alle politischen Stiftungen, eine von der Bundesregierung unabhängige Institution, die ihre Projekte und Maßnahmen im Ausland in eigener Verantwortung vornimmt. Die im Rahmen des Rechts auf freie Meinungsäußerung im eigenem Namen publizierte und als Ergebnis eigener Analyse vorgenommene Bewertung der Vorgänge in Honduras durch die FNF werde weder vom Gastland noch von der internationalen Gemeinschaft als Haltung der Bundesregierung verstanden. Sie berühre daher auch nicht die außenpolitischen Beziehungen der Regierung mit Honduras.
Die Finanzierung politischer Parteien durch die deutschen politischen Stiftungen sei nicht zulässig. Die ordnungsgemäße Mittelverwendung sei von allen politischen Stiftungen nachzuweisen und werde von der Regierung überprüft. Als unabhängige politische Stiftung sei die FNF jedoch frei, Partner und Zielgruppen ihrer Tätigkeit selbst zu bestimmen. Die Seminare und die Veranstaltungen der FNF in Honduras seien überwiegend öffentlich. ”Spezielle Zielgruppe sind Erwachsene und Jugendliche, die sich dem politischen Liberalismus zugänglich zeigen, dazu gehören naturgemäß die Parteimitglieder und -jugend der PLH“, schreibt die Regierung weiter. Die jeweils auf gemeinsamen Werten beruhende Nähe zu bestimmten Parteien sei ein ”Alleinstellungsmerkmal“, das politische Stiftungen wie keine anderen entwicklungspolitischen Akteure in die Lage versetze, durch die Zusammenarbeit mit politischen
Parteien einen Beitrag zu Demokratisierung und Entwicklung eines Partnerlandes zu leisten. Diese Art von Förderung in den Partnerländern sei ein ”integraler Bestandteil deutscher Entwicklungszusammenarbeit“.
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