Beim Handel mit Treibhausgasemissionen soll europaweit an einheitlichen Allokationsmethoden festgehalten werden. Damit sollen Wettbewerbsverzerrungen zwischen den EU-Staaten vermieden werden. Außerdem sollen in der Stromwirtschaft Zertifikate ab 2013 zu 100 Prozent versteigert werden. Der Bundestag billigte am 29. Mai einen entsprechenden Entschließungsantrag ( 16/8455) der Großen Koalition. Der Bundestag bekennt sich darin zu dem Ziel, die Treibhausgasemissionen bis 2020 gegenüber 1990 um 20 Prozent zu senken.
Die FDP hatte hingegen in einem Antrag ( 16/8075) gefordert, dass spätestens ab dem Jahr 2013 die CO2-Zertifikate in allen Branchen versteigert werden sollten, wenn dies ohne negative Wettbewerbseffekte möglich sei. Dabei sollten die im Energiebereich entstehenden Erlöse zur Senkung oder Abschaffung der Stromsteuer verwandt werden. Dieser Antrag der Liberalen wurde auf Grundlage einerr Beschlussempfehlung des Umweltausschusses ( 16/9334) abgelehnt. Zwei weiteren Entschließungsanträge der Grünen ( 16/9371) und der Linken ( 16/9370) wurde ebenfalls nicht zugestimmt.
Andreas Jung (CDU/CSU) erklärte in den zu Protokoll gegebenen Reden, dass die Weiterentwicklung des europäischen Emissionshandels auch dazu diene, das System "als Vorbild für andere Regionen zu etablieren". Die SPD begrüßte, dass damit dem "CO2-Ausstoß ein Geldwert zugeordnet" werde, so Gabriele Gronenberg. Michael Kauch (FDP) erklärte, dass mit der EU-Vorlage (Ratsdokument 5862/08) "die Lastenverteilung zwischen den Mitgliedstaaten nicht gerecht ist".
Eva Bulling-Schröter warnte für Die Linke davor, dass möglicherweise die Versteigerung von Emissionsrechten an die Energieversorger infrage gestellt werden könnte. Bärbel Höhn (Bündnis 90/Die Grünen) forderte eine Senkung der Emissionen bis 2020 um 30 Prozent und erklärte, Europa müsse "ambitionierter sein, als es die EU-Kommission anstrebt".