Jeder der vier Türme des Reichstagsgebäudes ist ständig mit einer Bundesflagge beflaggt. Die Besucher, die auf den Einlass in den Bundestag warten, sehen die gehisste Bundesflagge und die Europaflagge auf den Vorplätzen West und Ost. Außerdem wird ständig auf den Dienstgebäuden Unter den Linden 50 und 71 und in der Neustädtischen Kirchstraße 15, dem Sitz des Wehrbeauftragten des Deutschen Bundestages, geflaggt.
Empfängt der Bundestagspräsident ausländische Gäste, wird der mittlere der drei Masten auf den Vorplätzen Ost und gegebenenfalls West mit der Gastflagge beflaggt. In der Flaggenstelle des Deutschen Bundestages befinden sich über hunderte Fahnen und Flaggen, darunter auch die Fahnen der einzelnen Bundesländer.
Halbmast wird bei Bekanntwerden des Todes eines Abgeordneten, am Tage des Nachrufs im Plenum, aus Anlass eines Staatsbegräbnisses und beim Tode eines ausländischen Staatsoberhauptes gehisst.
Die “Fahne der Einheit“ auf dem Platz der Republik bleibt als Denkmal von der allgemeinen Beflaggungsordnung ausgenommen.
Grundlage für die Beflaggung ist die "Dienstanweisung zur Beflaggung der Dienstgebäude des Deutschen Bundestages". In Zweifelsfällen entscheidet der Direktor beim Deutschen Bundestag auf Vorschlag des Protokolls.
Verantwortlich für das Aufziehen und Abnehmen der Flaggen ist die Frack- und Flaggenstelle des Deutschen Bundestages. Diese ist angesiedelt im Plenar- und Ausschussassistenzdienst des Referates ZT4 (Logistik), der unter anderem die Ausstattung der Plenarmitarbeiter mit Fräcken, Frackkostümen und Dienstuniformen und die Verwendung und den Verleih von Flaggen im Bereich des Deutschen Bundestages koordiniert. Dafür befinden sich im Gesamtbestand der Frack- und Flaggenstelle hunderte Fahnen, Flaggen und Tischfähnchen.
Während eine Dienstanweisung die Beflaggung für den Deutschen Bundestag regelt, gibt es für oberste Bundesbehörden (zum Beispiel Ministerien) einen Beflaggungserlass der Bundesregierung.
Die Dienstgebäude der obersten Bundesbehörden in Berlin und Bonn werden täglich beflaggt.
Grundsätzlich gilt für die Beflaggung von Bundesgebäuden folgende Reihenfolge (von links nach rechts): Europaflagge, Bundes(dienst-)flagge, Landesflagge, Gemeindeflagge. Flaggen internationaler und überstaatlicher Organisationen dagegen werden links der Europaflagge gehisst (zum Beispiel die Flagge der Vereinten Nationen).
Zu Ehren eines Gastes (ab Ministerebene aufwärts) wird auch hier am zentralen Mast zwischen der Europaflagge und der Bundes(dienst-)flagge die Staatsflagge des Gastes gehisst.
Bei einem Staatsbesuch in Berlin wird zusätzlich die sogenannte Protokollstrecke beflaggt; hierbei wird abwechselnd die Europaflagge, die Flagge des Gastlandes und die Bundesflagge gehisst.