Die parlamentarische Ostseekooperation geht auf das Jahr 1991 zurück, als der damalige Präsident des finnischen Parlaments, Kalevi Sorsa, zu der ersten parlamentarischen Konferenz für den Ostseeraum einlud. Die zweite Konferenz fand 1992 in Oslo statt. Bei dieser Konferenz wurde beschlossen, den Ostseerat (CBSS) zu ersuchen, bei der nächsten Konferenz einen Tätigkeitsbericht vorzulegen. Die dritte parlamentarische Konferenz fand 1994 in Warschau statt. Seitdem wurden jedes Jahr parlamentarische Ostseekonferenzen veranstaltet. Zu jeder Konferenz wurden vom jeweiligen Vorsitz des Ostseerates Berichte über die Tätigkeiten des Rates im Vorjahr vorgelegt.

Auf der Konferenz in Lübeck 1998 wurde beschlossen, die parlamentarische Zusammenarbeit durch die Einrichtung offiziellerer Strukturen zu stärken. Eine neue Geschäftsordnung wurde ausgearbeitet und im September 1999 auf der Konferenz von Mariehamn verabschiedet. Diese Geschäftsordnung spiegelte das Ziel wider, die Konferenz als parlamentarischen Arm zur Arbeit der im Ostseerat vertretenen Regierungen einzurichten. Gleichzeitig erhielt die Jahreskonferenz einen neuen Namen. Der Name Ostseeparlamentarierkonferenz (BSPC) befindet sich im Einklang mit den Namen und Abkürzungen anderer internationaler Organisationen im Ostseeraum.

Mit der 2005 auf der Jahrestagung in Vilnius geänderten Geschäftsordnung sollten die Strukturen der Konferenz weiter gefestigt und die Präsenz der parlamentarischen Zusammenarbeit im Ostseeraum über die Jahreskonferenz hinaus spürbar gemacht werden. Vor allem die Rolle des Ständigen Ausschusses wurde gestärkt, um der parlamentarischen Zusammenarbeit größere Kontinuität auf regelmäßiger Grundlage zu geben. Jedes Jahr wird ein Arbeitsprogramm für die Zeit zwischen den Jahrestagungen festgelegt. Mit der Neuregelung der Zusammensetzung des Ständigen Ausschusses erhielt auch der Deutsche Bundestag einen Sitz im Ständigen Ausschuss. Ein Erweiterter Ständiger Ausschuss, in dem alle Mitgliedsdelegationen vertreten sind, ersetzte den bisherigen Redaktionsausschuss bei der Ausarbeitung der jährlichen Resolution.

Um den gestiegenen Aktivitäten der Konferenz und den damit verbundenen Kosten Rechnung zu tragen, beschlossen die Delegierten auf der Jahrestagung 2006 in Reykjavik die Einführung von Mitgliedsbeiträgen.