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Bis zum Stichtag am 30. April hätten 66 deutsche Universitäten zunächst unverbindlich die Absicht bekundet, sich mit insgesamt neuen 247 Förderanträgen bewerben zu wollen, sagte Kleiner. Davon bezögen sich 108 Anträge auf Graduiertenschulen, 115 auf Exzellenzcluster und 24 auf universitäre Zukunftskonzepte. In dieser Zahl sind Bewerbungen von Universitäten, die bereits in der ersten Phase der Exzellenzinitiative gefördert werden und die sich um eine Folgeförderung bewerben wollen, noch nicht enthalten. Die ausgearbeiteten Skizzen für die Förderanträge müssten erst bis zum 1. September dieses Jahres eingereicht werden. Die endgültige Entscheidung über die Förderanträge soll im Sommer 2012 fallen, sagte Kleiner.
Insgesamt stehen für die zweite Phase der Exzellenzinitiative 2,7 Milliarden Euro für die Förderung von Spitzenleistungen an deutschen Universitäten bereit. In der ersten Phase von 2007 bis 2012 werden 39 Graduiertenschulen, 37 Exzellenzcluster und 9 Zukunftskonzepte mit insgesamt 1,9 Milliarden Euro gefördert. Graduiertenschulen sollen hervorragende Rahmenbedingungen für Promovierende schaffen, während bei Exzellenzclustern die Bündelung von Spitzenforschung auf einem Themenfeld im Mittelpunkt steht und die Zukunftskonzepte sich auf die Gesamtentwicklung einer Universität beziehen.
Der Münchner Professor Peter Strohschneider, Vorsitzender des Wissenschaftsrates, sagte, dass es in der zweiten Phase der Exzellenzinitiative einen Wettbewerb zwischen bereits geförderten Projekten und neuen Bewerbungen geben werde. Erfolgreiche Projekte aus der ersten Phase würden nicht automatisch weiter gefördert. In der zweiten Phase soll außerdem ein größerer Schwerpunkt auf die Lehre gelegt werden. Die Universitäten könnten als Teil ihrer eingereichten Zukunftskonzepte darstellen, wie sie die ”forschungsorientierte Lehre“ verbessern wollten.
Der Bremer Professor Stephan Leibfried, Mitglied der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften und Leiter eines Forschungsprojektes über die Exzellenzinitiative, kritisierte, dass sich die Exzellenzinitiative auf die Grundlagenforschung konzentriere. Man müsse nachdenken, wie man die angewandte Forschung und die Lehre stärker berücksichtigen könne, sagte Leibfried.
Die Unionsfraktion wünschte sich eine stärkere Kommunikation zwischen Forschungseinrichtungen und Bevölkerung, um die Leistungen der ”Spitzenforschung“ in Deutschland bekannter zu machen. Außerdem warf sie die Frage auf, ob bei der Auswahl geförderter Projekte die Umsetzung der Forschungsergebnisse in neue Produkte keine größere Rolle spielen müsste. Die FDP-Fraktion schlug vor, die Vernetzung von Universitäten in ihren Regionen und Kooperationen mit der Wirtschaft weiter zu stärken.
Die SPD-Fraktion regte an, in der zweiten Phase der Exzellenzinitiative auch die Fachhochschulen zu berücksichtigen: Die in der zweiten Phase stärker akzentuierte Lehre werde schließlich auch an den Fachhochschulen geleistet. Sie forderte außerdem, die Förderung zahlreicher Universitäten auch nach der zweiten Phase der Exzellenzinitiative fortzuführen und sich nicht auf ”3 bis 4 deutsche Harvards“ zu beschränken.
Die Linke-Fraktion kritisierte hingegen, dass sich der ”Normalbetrieb“ an den Universitäten durch die Exzellenzinitiative nicht entspannt habe. Immer noch seien die Universitäten unterfinanziert. Auch wegen der Studierenden-Proteste sei es wichtig, die Qualität der Lehre in den Mittelpunkt zu stellen. Diesen Punkt griff auch die Grünen-Fraktion auf: Sie monierte, dass das Thema Lehre nicht verpflichtend in die eingereichten Zukunftskonzepte der Universitäten aufgenommen werden müsse. Außerdem erwarte sich die Fraktion Vorschläge vom Wissenschaftsrat, wie die Förderung der Universitäten nach dem Auslaufen der zweiten Phase der Exzellenzinitiative fortgesetzt werden solle.
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