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Das EFI-Gutachten verweist sowohl auf die Erfolge in der Forschungs- und Innovationspolitik wie auch auf die Schwachstellen und die Herausforderungen, die Deutschland noch zu bewältigen hat. Positiv erwähnen die Experten, dass Deutschland das Drei-Prozent-Ziel für die nationale Forschungs- und Entwicklungs-Intensität im Jahr 2011 fast erreicht hat. Damit hätte Deutschland zu den USA aufgeschlossen und seine Position im internationalen Wettbewerb deutlich verbessert. Die Forschung und Innovation deutscher Unternehmen hätte einen erheblichen Beitrag zur Stabilität des deutschen Arbeitsmarktes und zu anhaltenden Erfolgen gerade in Expertenbereichen geleistet. Für 2020 wünschen sich die Gutachter, dass das Drei-Prozent-Ziel auf 3,5 Prozent erhöht wird. Das sogenannte Drei-Prozent-Ziel geht auf einen Beschluss von 2002 in Barcelona zurück, wo sich die EU-Länder geeinigt hatten, die Ausgaben für Forschung und Innovation auf drei Prozent des Bruttoinlandproduktes zu erhöhen.
Die Experten kritisieren, dass die im Koalitionsvertrag angekündigte Einführung einer steuerlichen Förderung von Forschung und Entwicklung in Unternehmen immer noch nicht erfolgt sei, ebenso wenig wie die Verbesserung der Rahmenbedingungen für Wagniskapital.
Die Wissenschaftler sprechen sich zudem dafür aus, den Artikel 91 b des Grundgesetzes neu zu gestalten. Der Artikel regelt das Kooperationsverbot zwischen Bund und Ländern in Wissenschaft und Bildung. Der Bund solle in Zukunft in die Lage versetzt werden, nicht nur an der Finanzierung von wissenschaftlichen Projekten sondern auch an Bildungsmaßnahmen mitzuwirken. Weitere Schwerpunkte des Berichts beschäftigen sich mit dem Open-Access, also dem freien Zugang von wissenschaftlicher Literatur im Internet. Das Gremium befürwortet ein Zweitveröffentlichungsrecht, um den Zugang wissenschaftlicher Informationen zu verbessern. Neben dem Patenrecht und der Internetwirtschaft, die gerade in Berlin boomt, hat sich die Kommission in einem eigenen Kapitel auch mit Frauen im Wissenschafts- und Forschungssystem auseinandergesetzt. Ein Mangel an qualifizierten Fachkräften in mathematischen und naturwissenschaftlichen Berufen werde immer mehr zum Engpass für Innovation in Deutschland. Bisher ungenutzte Qualifikationspotenziale insbesondere von Frauen müssten in Zukunft besser ausgenutzt werden. Falls sich nicht schnell etwas ändere, sei es überlegenswert, die Frauenquote einzuführen. Auf einen Zeitpunkt und eine Höhe wollten sich die Experten nicht festlegen. Die Dringlichkeit sei von Branche zu Branche unterschiedlich.
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