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Doch gebe es nicht nur Erfolge zu berichten: Nicht alle Ziele für die noch laufende Legislaturperiode seien erreicht worden. Zwar sei die Einführung der steuerlichen Forschungs- und Entwicklungsförderung und eine Verbesserung der Rahmenbedingungen für Wagniskapital im Koalitionsvertrag der Bundesregierung verankert worden, zu einer Umsetzung sei es jedoch nicht gekommen. Darüber hinaus gebe es drängende Aufgaben in der Gestaltung der Kooperation zwischen Bund und Ländern und in anderen Politikbereichen. Die von fast allen Parteien inzwischen als notwendig erachtete Korrektur der Föderalismusreform I stehe aus, wobei die Reform und ihr Zuschnitt zum politischen Spielball der Parteien geworden seien, und das obwohl zumindest hinsichtlich der institutionellen Unterstützung von Hochschulen durch den Bund prinzipielle Einigkeit bestehe.
Zudem komme die Reform des deutschen Bildungssystems nur mühsam voran. Die jüngsten Ergebnisse (Dezember 2012) zur Situation an den Grundschulen hätten bestätigt, dass Deutschland nur im oberen Mittelfeld rangiere. Auf Dauer sei eine solche Position gefährlich, da sie den weiteren Ausbau des Innovationsstandorts Deutschland behindere. Ferner gebe es massive Schwächen in wichtigen Bereichen der Spitzentechnologie. Die Gutachter nennen die Informations- und Kommunikationstechnologie (IKT) und die Lebenswissenschaften. Diese seien bisher nicht überzeugend angegangen worden.
Das Gutachten wird seit 2008 alle zwei Jahre dem Deutschen Bundestag vorgelegt und wird von einer unabhängigen Gruppe renommierter Wissenschaftlern verfasst. Eine Stellungnahme der Bundesregierung auf das Gutachten 2013 werde in dem für April 2013 vorgesehenen Bericht zur Hightech-Strategie erfolgen.
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