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Die Empfehlungen seien auf vier Grundideen aufgebaut. Zum einen betonte Marquardt, dass Forschung, Lehre, Transfer und Infrastrukturleistungen miteinander verwoben seien, die Hochschulen aber im Wissenschaftssystem eine konstitutive, also bestimmende Rolle spielten. Dabei sei eine verlässliche Erhöhung der Grundfinanzierung erforderlich. Zudem forderte er, dass die Finanzierungs-, Rechts- und Förderstrukturen des Wissenschaftssystems seine Träger im „Sinne einer Kultur der Ermöglichung“ unterstützen sollen, damit Wissenschaftler Bedingungen vorfinden, in denen sie effizient arbeiten können. Außerdem sprach sich Marquardt dafür aus, dass Bund und Länder in einem abgestimmten „Zukunftspakt“ für eine nachhaltige, planungssichere Finanzierung des Wissenschaftssystem sorgen sollen.
Die Empfehlungen gehen auch auf die Betreuung von Studenten, auf die Steigerung der Attraktivität der Berufe in der Wissenschaft sowie auf die Profilierung einzelner Hochschulen ein, wozu auch die Etablierung neuer Förderinstrumente wie die „Merian Professuren“ und „Liebig-Zentren“ gehörten. Durch diese Instrumente sollen die Hochschulen ihre eigenen Schwerpunkte setzen können.
Grundsätzlich müsse das Wissenschaftssystem angesichts der umfangreichen Herausforderungen immer wieder neu justiert werden, ein Systembruch sei hingegen kontraproduktiv. Das Wissenschaftssystem habe gerade in jüngster Zeit seine dynamische Entwicklungsfähigkeit unter Beweis gestellt, heißt es in den Empfehlungen weiter. Eine wesentliche Antriebskraft für die Weiterentwicklungen seien die verschiedenen Programme wie die Exzellenzinitiative, der Pakt für Forschung und Innovation und der Hochschulpakt gewesen. Diese laufen in den kommende Jahren aus, so dass es „in Verbindung mit der Konsolidierung der öffentlichen Haushalte erheblichen politischen Handlungs- und Entscheidungsdruck“ gebe, wie es in den Empfehlungen heißt. Um auch wissenschaftliche Leistungen auf höchstem Niveau zu erbringen, bedürfe es zudem eines kulturellen Wandels innerhalb der Wissenschaft. Die Anerkennung von Leistung verschiedener und individueller Karrieren müsse weiter entwickelt werden. Die Wissenschaft müsse den Dialog mit anderen gesellschaftlichen Akteuren aktiv suchen.
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