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Parmi les organes mixtes dont les membres sont nommés pour moitié par le Bundestag et pour moitié par le Bundesrat, on trouve également la commission de désignation des magistrats chargée d'élire les juges des cours suprêmes fédérales (Cour de justice, Cour fédérale administrative, Cour fédérale du travail, Cour fédérale des finances, Cour fédérale du contentieux social). La Loi sur l'élection des juges prévoit une commission de désignation des magistrats, composée de 16 ministres de Land et d'un nombre égal de membres élus par le Bundestag. À la différence des membres de la commission d'élection des juges à la Cour constitutionnelle fédérale, les membres de la commission de désignation des magistrats élus par le Bundestag ne doivent pas obligatoirement être issus de ses rangs. Ils doivent cependant avoir de l'expérience dans le domaine juridique. La commission est présidée par le ministre fédéral compétent pour la cour concernée, qui ne jouit cependant pas du droit de vote. Le même principe s'applique également aux membres des gouvernements de Land, à savoir que font partie de la commission de désignation des magistrats les ministres de Land chargés d'élire les juges de la cour suprême relevant de leur domaine de compétence. Par exemple, les ministres du travail des 16 Länder participent à l'élection des juges de la Cour fédérale du travail.

Les ministres fédéraux compétents pour le domaine concerné ne sont pas soumis au verdict de la commission de désignation des magistrats. Au contraire, une analyse propre peut leur permettre d'aboutir à un résultat différent. S'ils acceptent cependant le vote de la commission de désignation des magistrats, ils doivent demander au Président fédéral la nomination des candidats élus. Le Président fédéral signe ensuite les actes de nomination des juges fédéraux.