Die Regierung plant, Biodiesel vom 1. August dieses Jahres an mit zehn Cent pro Liter und Pflanzenöl mit 15 Cent pro Liter zu besteuern. Wenn Biodiesel mit fossilem Diesel gemischt wird, sollen ebenfalls 15 Cent pro Liter Energiesteuer anfallen. Grundlage des Gesetzentwurfs ist die EU-Richtlinie zur Besteuerung von Energieerzeugnissen und elektrischem Strom. Die Regierung hat die Umsetzung dieser Richtlinie zum Anlass genommen, das Mineralölsteuergesetz durch ein Energiesteuergesetz abzulösen, in das neben Mineralöl auch die Energieträger Steinkohle, Braunkohle und Koks einbezogen werden sollen. Darüber hinaus plant sie, zum 1. Januar 2007 eine Quote für die Beimischung von Biokraftstoffen zu Diesel und Benzin einzuführen. Jürgen Abend vom Mineralölwirtschaftsverband und Ulrike Beland vom Deutschen Industrie- und Handelskammertag plädierten dafür, die Einführung der Besteuerung zum 1. August und der Quote zum 1. Januar zusammenzulegen, um eine doppelte Umstellung zu vermeiden.

Als Vertreter der 350 Ölmühlen in Deutschland warb Peter Daniels dafür, die jetzige Steuerbefreiung aufgrund der hohen Investitionskosten langfristig beizubehalten. Die Besteuerung würde die Existenz der dezentralen Ölmühlen stark gefährden. Johannes Lackmann vom Bundesverband Erneuerbare Energien hielt es ebenfalls für "nicht rational", die Steuerbefreiung auf Biokraftstoffe 2009 ganz auslaufen zu lassen. Dies würde Investitionsunsicherheit schaffen. Helmut Born vom Deutschen Bauernverband begrüßte, dass für die in der Land- und Forstwirtschaft verwendeten reinen Biokraft- und Bioheizstoffe, die nur aus Biomasse bestehen, auch künftig keine Steuer bezahlt werden muss. Die deutschen Landwirte seien durch die Dieselbesteuerung bereits in einer schwierigen Lage. In allen Nachbarstaaten sei die Besteuerung niedriger.

Klage führte auch der Zentralverband der deutschen Seehafenbetriebe. Nach den Worten von Klaus Heitmann werden die deutschen Seehäfen seit Jahren im Vergleich zu anderen Seehäfen in der EU massiv benachteiligt. Die Wettbewerbsnachteile summierten sich auf 27 Millionen Euro, so Heitmann. Thomas Becker vom Verband der Automobilindustrie sagte, es komme darauf an, dass die Kraftstoffe mit höherem ökologischem Potenzial, also niedrigerem Kohlendioxidausstoß, eine Marktchance bekommen. Steuerlich sollte nach diesem Entlastungspotenzial differenziert werden.

Die Regierung betont in ihrer Gegenäußerung zur Stellungnahme des Bundesrates ( 16/1347), die EU-Kommission strebe einen Biokraftstoffanteil von 5,75 Prozent an allen Otto- und Dieselkraftstoffen bis Ende 2010 an. Um dies zu erreichen, müsse eine gesetzliche Verpflichtung eingeführt werden, einen Mindestanteil an Biokraftstoffen in den Verkehr zu bringen.

Der Bundesrat hatte mehrere Änderungswünsche an dem Gesetzentwurf angemeldet, die von der Regierung jedoch zumeist abgelehnt werden. Unter anderem weist sie den Vorschlag der Länderkammer zurück, Erdgas und Flüssiggas steuerlich gleichzustellen. Sie sagt jedoch zu, eine anteilige Steuerentlastung für Biokraftstoffe zu prüfen, die im öffentlichen Personennahverkehr verwendet werden. Der Bundesrat hatte daran erinnert, dass auf den Einsatz von Diesel im öffentlichen Personennahverkehr bereits eine Steuerentlastung gewährt wird. Mit der im Gesetzentwurf vorgesehenen Teilbesteuerung würde der Einsatz von Biokraftstoffen im öffentlichen Nahverkehr unwirtschaftlich werden, hieß es.